Aloitus
Anthraxin perustivat kitaristit Scott Ian ja Danny Lilker vuonna 1981. Scott Ian nimesi bändin taudin mukaan nähtyään sen biologian oppikirjassa, koska se kuulosti hänen mielestään "riittävän pahalta" (riittävän pahalta).
Anthraxin ensimmäisten vuosien aikana he kävivät läpi useita laulajia, basisteja ja rumpaleita ja päätyivät lopulta laulaja Neil Turbiniin, kitaristi Dan Spitziin (Danny Lilkerin vaihdettua basistiksi) ja rumpali Charlie Benanteen ennen ensimmäisen albuminsa Fistful Of Metal julkaisemista.
1984-1992
Danny Lilker sai potkut, koska hän oli liian rento, ja Neil Turbin sai potkut, koska hän yritti ottaa bändin täyden hallinnan. Heidät korvattiin Frank Bellolla (Charlie Benanten veljenpoika) ja Joey Belladonnalla. Tällä kokoonpanolla äänitettiin neljä albumia: Spreading the Disease, Among The Living, State Of Euphoria ja Persistence Of Time.
Among The Living oli erilainen albumi kuin kaksi edellistä, sillä se toi yhtyeen musiikkiin huumoria ja viittauksia sarjakuviin. Monien mielestä se on heidän paras albuminsa, sillä se sisältää kappaleita kuten "Caught In A Mosh", "Indians" ja "I Am The Law" (joka kertoo Judge Dredd -hahmosta). Seuraava albumi, State Of Euphoria, oli samantyyppinen albumi, mutta ei ollut yhtä menestyksekäs, mutta sisälsi tunnetumpia Anthraxin kappaleita, kuten "Be All, End All and Antisocial" (englanninkielinen cover ranskalaisen Trust-yhtyeen kappaleesta).
Persistence Of Time oli vakavampi albumi, koska bändin jäsenet riitelivät keskenään ja monet heidän henkilökohtaisista tavaroistaan katosivat tulipalossa. Levyllä ei ollut viittauksia sarjakuviin, ja sanoituksiin sisällytettiin vakavampia teemoja (kuten rauhan tarve, joka ilmenee kappaleessa "Keep it in the Family"). Siinä oli kuitenkin nopeatempoinen cover Joe Jacksonin kappaleesta "Got The Time", josta on tullut tunnettu Anthraxin kappale.
Tänä aikana yhtyeen uralla Anthrax julkaisi myös menestyksekkään rap-metal-kappaleen nimeltä "I'm The Man", ja muutamaa vuotta myöhemmin he julkaisivat toisen rap-metal-kappaleen hip hop -ryhmä Public Enemyn kanssa, coverin heidän kappaleestaan "Bring The Noise". Tämän kappaleen julkaisun myötä näitä kahta ryhmää on pidetty rap-metalligenren luojina ja popularisoijina.
1992-2001
Koska yhtyeestä tuli yhä suositumpi, he allekirjoittivat sopimuksen Elektra-nimisen levy-yhtiön kanssa. Joey Belladonna sai kuitenkin potkut Anthraxista vuonna 1992, ja tilalle tuli John Bush, joka kuului Armored Saint -nimisessä yhtyeessä, joka oli hiljattain hajonnut. Bändin ensimmäinen albumi tämän laulajan kanssa, Sound Of White Noise, oli myös menestyksekäs, ja se oli Persistence Of Timen tavoin synkkä, mutta kuulosti myös hieman 90-luvun alussa suosittujen grunge-yhtyeiden kaltaiselta.
Dan Spitz jätti yhtyeen vuonna 1995. Charlie Benante soitti kitaraa bändin seuraavalla albumilla, Stomp 442, sekä rumpuja, ja Paul Crook soitti kitaraa myös albumilla. Panteran kitaristi Dimebag Darrell soitti soolot kahdessa kappaleessa. Albumi ei menestynyt yhtä hyvin kuin Sound Of White Noise, ja Anthrax syytti Elektraa siitä, ettei se mainostanut sitä kunnolla.
He allekirjoittivat uudelleen itsenäisen Ignition-nimisen levy-yhtiön ja julkaisivat Volume 8: The Threat Is Real -levyn, jossa Charlie Benante ja Paul Crook soittivat jälleen kitaraa Dimebag Darrellin soolojen kera (Panteran laulaja Phil Anselmo lauloi taustalauluja myös yhdessä kappaleessa). Albumi menestyi huonommin kuin Stomp 442, ja pian levyn ilmestymisen jälkeen Ignition lopetti toimintansa menestyksen puutteessa. Anthrax piti lyhyen tauon, ja John Bush liittyi uudelleen yhteen Armored Saintin kanssa ja julkaisi heidän kanssaan toisen albumin.
2001-2009
Vuonna 2001 bändi palkkasi kitaristi Rob Caggianon ja soitti jälleen keikkoja. Syyskuun 11. päivän ja sen jälkeen tapahtuneiden Anthrax-iskujen jälkeen bändi harkitsi nimen vaihtamista. Scott Ian ilmoitti vitsillä, että he harkitsivat nimeä "Basket Full Of Puppies". Lopulta he päättivät pitää nimen Anthrax.
He julkaisivat albumin We've Come For You All vuonna 2003, ja vaikka se ei ollut menestyksekäs, kuten kaksi edellistä albumia, sitä pidettiin heidän parhaana albuminaan vuosiin. Kiertueen aikana Frank Bello lähti ja tilalle tuli Armored Saintin jäsen Joey Vera.
Frank Bello kuitenkin palasi bändiin samoin kuin Joey Belladonna ja Dan Spitz vuonna 2005, kun Anthrax ilmoitti reunion-kiertueesta. Tämä menestyksekäs kiertue päättyi vuonna 2007, ja Joey ja Dan lähtivät jälleen kerran. Uusi laulaja Dan Nelson julkistettiin ja Rob Caggiano palasi. He alkoivat tehdä uutta Worship Music -nimistä albumia, joka oli tarkoitus julkaista vuonna 2009. Dan Nelson kuitenkin jätti yhtyeen tuon vuoden aikana, ja albumi laitettiin jäihin. John Bush teki paluun bändiin, joka harkitsi Worship Musicin julkaisemista tämän laulajan kanssa.
Kuluva kausi
Joey Belladonna kuitenkin palasi Anthraxiin vuonna 2010 pysyvästi. Bändi soitti useita keikkoja (mukaan lukien "Big 4" -konsertit Metallican, Megadethin ja Slayerin kanssa) ja työskentelyä uuden albumin parissa jatkettiin, joka lopulta valmistui ja julkaistiin vuonna 2011. Albumi oli yhtyeen menestynein sitten Sound Of White Noisen.
Yhtye julkaisee 70- ja 80-luvun covereita sisältävän EP:n maaliskuussa 2013. Kitaristi Rob Caggiano jätti Anthraxin vuoden 2013 alussa.