Kaappareita johti al-Qaidan jäsen Ziad Jarrah. Jarrah oli syntynyt Libanonissa. Hän muutti Saksaan vuonna 1996 ja kirjoittautui Greifswaldin yliopistoon opiskelemaan saksaa. Vuotta myöhemmin hän muutti Hampuriin ja aloitti lentotekniikan opinnot Hampurin ammattikorkeakoulussa. Hampurissa asuessaan Jarrah liittyi Hampurin radikaaliin terroristisoluun.
Marraskuussa 1999 Jarrah lähti Afganistaniin, jossa hän vietti kolme kuukautta. Tammikuussa 2000 hän tapasi Afganistanissa al-Qaidan johtajan Osama bin Ladenin. Jarrah palasi Saksaan tammikuun lopussa ja hankki helmikuussa uuden passin, jossa ei ollut afganistanilaisia passileimoja, ilmoittamalla passinsa väärällä tavalla varastetuksi.
Jarrah saapui Floridaan kesäkuussa 2000. Hän alkoi ottaa lentotunteja ja kouluttautua lähitaisteluun.
Neljä muuta kaapparia oli koulutettu taistelemaan fyysisesti miehistön kanssa. Kolme heistä oli Jarrahin mukana lennolla 93. He olivat Ahmed al-Nami, Hamza al-Ghamdi ja Mohand al-Shehri.
Viidenneksi kaappaajaksi aiottu Mohammed al-Qahtani lensi 3. elokuuta 2001 Dubaista Orlandoon, Floridaan, Yhdysvaltoihin. Viranomaiset kuulustelivat häntä, koska he eivät uskoneet, että hän pystyisi elättämään itsensä vain 2800 dollarilla käteistä, ja epäilivät, että hän aikoi ryhtyä laittomaksi maahanmuuttajaksi, koska hän käytti menolipun. Hänet lähetettiin takaisin Dubaihin ja palasi myöhemmin Saudi-Arabiaan.
Syyskuun 11. päivän aamuna kello 5.01 Jarrah soitti kännykällä Newarkista Bostoniin Marwan al-Shehhille, United Airlinesin lennon 175 kaapparilentäjälle. Puhelun tarkoituksena oli ilmeisesti vahvistaa, että iskut olivat valmiina alkamaan.
Haznawi ja Ghamdi nousivat koneeseen kello 07.39 ja istuivat ensimmäisessä luokassa paikoilla 6B ja 3D. Nami nousi koneeseen minuuttia myöhemmin ja istui ensimmäisen luokan paikalle 3C. Ennen koneeseen nousemista Jarrah soitti viisi puhelua Libanoniin, yhden Ranskaan ja yhden tyttöystävälleen Aysel Sengünille Saksaan, jolle hän oli lähettänyt jäähyväiskirjeen edellisenä päivänä. Hän sanoi kolme kertaa "rakastan sinua" ja löi sitten luurin korvaan, kun tyttö kysyi, mistä on kyse.
Hyökkäysten tapahtuessa ilmaliikenteen viranomaiset alkoivat antaa varoituksia ACARS-järjestelmän (Aircraft Communication Addressing and Reporting System) kautta. Unitedin lennonjohtoedustaja Ed Ballinger alkoi lähettää ohjaamotekstivaroituksia United Airlinesin lennoille kello 09.19 eli 17 minuuttia sen jälkeen, kun hän oli saanut tietää lennon 175 törmäyksestä. Ballinger oli vastuussa useista lennoista, ja hän lähetti viestin lennolle 93 kello 09:23. Ballinger sai rutiininomaisen ACARS-viestin lennolta 93 kello 09:21: "Good morning...Nice clb (nousu) outta EWR [Newarkin lentokenttä].". Viestissä kommentoitiin ohjaamosta avautuvia näkymiä ja säätä, ja se oli kuitattu nimikirjaimella "J.", mikä osoittaa, että se oli peräisin Jason Dahlilta, joka tunsi Ballingerin. Kello 09:22, saatuaan tietää World Trade Centerin tapahtumista, LeRoy Homerin vaimo Melody Homer lähetti miehelleen ohjaamoon ACARS-viestin, jossa hän kysyi, oliko mies kunnossa. Kello 09:24 lento 93 sai Ballingerin ACARS-varoituksen: "Varokaa ohjaamoon tunkeutumista - kaksi lentokonetta osui World Trade Centeriin". Kello 09.26, sen jälkeen kun lentäjät olivat kahdesti ilmoittaneet rutiininomaisen korkeus- ja säätiedotuksen FAA:n Clevelandin keskuksen lennonjohtajalle, Dahl kirjoitti hätäisen, väärin kirjoitetun ACARS-vastauksen: "Ed cofirm latest mssg plz -Jason". Kello 09:27:25, kun lentokone oli ylittämässä Ohion itäisen osavaltion ilmatilaa, ohjaamomiehistö vastasi Clevelandin lennonjohtajan rutiiniradiokutsuun, jossa hän kehotti heitä tarkkailemaan toista lentokonetta, joka oli 12 mailin etäisyydellä ja kahden tuhannen jalan korkeudella heidän yläpuolellaan. He sanoivat, että yhteys oli negatiivinen ja että he etsivät. Tämä oli miehistön viimeinen yhteydenotto ennen kaappausta.
Kaappaus alkoi kello 09:28. Siihen mennessä lennot 11 ja 175 olivat jo törmänneet World Trade Centeriin, ja lento 77 oli yhdeksän minuutin kuluttua iskeytymässä Pentagoniin. Näiden lentojen kaappaajat olivat odottaneet korkeintaan kolmekymmentä minuuttia koneen haltuunottoa, ja todennäköisesti he iskivät sen jälkeen, kun turvavyömerkki oli sammutettu ja matkustamopalvelu oli alkanut. Ei tiedetä, miksi lennon 93 kaappaajat odottivat 46 minuuttia aloittaakseen hyökkäyksensä. Matkustajien ja miehistön kertomusten mukaan kaappaajat sitoivat punaiset kaulaliinat päänsä ympärille ja hyppäsivät istuimiltaan. Kello 9.28.05, kun lento oli 35 000 jalan korkeudessa Itä-Ohion yllä, kone putosi äkillisesti 685 jalkaa. Kello 09:28:17, yhdentoista sekunnin kuluttua laskeutumisesta, Cleveland kuuli miehen huutavan ohjaamoradioon: "Mayday! Mayday! Mayday!" Toinen raastava huuto kuului: "Hei! Pois täältä!". Clevelandin lennonjohtaja John Werth ei tiennyt kuulemansa huudon lähdettä, ja hän saattoi ymmärtää kuulemansa vain "vain joksikin murisevaksi, murisevaksi ääneksi". Hän vastasi: "Soittiko joku Clevelandiin?", ennen kuin hän huomasi lennon 93 nopean laskeutumisen ja kuuli kello 09:28:50 toisen lähetyksen ohjaamosta, huutoja yhdessä vielä epätoivoisemman ja sekavamman repliikin kanssa: "Hei! Pois täältä! Pois täältä!" Toimikunta ei tehnyt johtopäätöstä siitä, oliko hätäpuhelun antaja Dahl vai perämies LeRoy Homer, mutta kun Melody Homer ja Sandy Dahl, Jason Dahlin vaimo, kuuntelivat yhdessä nauhaa, Melody Homer väitti tunnistaneensa miehensä äänen huutavaksi mieheksi. Lento putosi 685 jalkaa (209 m) puolessa minuutissa, ennen kuin kaapparit vakauttivat koneen 34 315 jalan korkeuteen ja alkoivat pian nousta kaakkoon. Syyskuun 11. päivänä kaapatuista neljästä lentokoneesta lento 93 oli ainoa, joka lähetti hätäkutsun. On todennäköistä, että koska lentäjiä oli varoitettu World Trade Centerin iskuista ja heidän oli varottava tunkeutumista ohjaamoon, he painoivat kaappaajien hyökätessä tarkoituksella radiomikrofonin puhepainiketta, jotta FAA:n maavalvojat ja samalla radiotaajuudella olevien lentokoneiden lentäjät kuulisivat ohjaamossa käytävän kamppailun äänet. Werth uskoi, että se ei ollut vain avunpyyntö, vaan myös varoitus. Seuraavien kahden minuutin aikana Werth yritti seitsemän kertaa ottaa yhteyttä lentoon 93, mutta ei saanut vastausta, samalla kun muut lennonjohtajat siirtivät läheisiä lentoja pois tieltä.
Ohjaamon ääninauhuri alkoi tallentaa lennon 93 viimeiset kolmekymmentä minuuttia klo 09:31:57. Tällä hetkellä nauhalle tallentui kaapparin ääni, jonka arveltiin olevan Jarrah, joka puhui pysähtyneesti aksentoitua englantia ja hengitti ja huohotti raskaasti, ilmeisesti rasituksesta, ehkä kamppailusta: "Hyvät naiset ja herrat: tässä on kapteeni. Istukaa alas, pysykää istumassa. Aluksella on pommi. Istukaa siis alas." Toimikunta uskoi, että Jarrah yritti tehdä ilmoitusta matkustajille, mutta painoi väärää kytkintä, jolloin viesti meni Clevelandin lennonjohtajille; Mohamed Atta oli tehnyt saman virheen lennolla 11. Werth ymmärsi lähetyksen ja yritti pitää kaapparilentäjän puhumassa, vastaten: "Soitan Clevelandin keskukseen, et ole luettavissa. Sano uudelleen, hitaasti." Hän lähetti uuden tekstiviestin varoitusviestin lennolle 93: "Korkea turvallisuushälytys. Secure Cockpit." Werth pyysi muita sektorinsa lentäjiä seuraamaan lentoa 93, pitämään kaapattua konetta silmällä.
Lentotallenteet osoittavat, että haavoittunut mies, jonka uskotaan olevan Dahl, valitti ohjaamossa. Mies vetosi toistuvasti "Ei enää" tai "Ei", kun kaapparit huusivat häntä istumaan ja lopettamaan johonkin koskettamisen. Sandy uskoo, että Dahl ryhtyi toimiin häiritäkseen kaappareita, mukaan lukien automaattiohjauksen mahdollinen kytkeminen pois päältä ja koneen radiotaajuuden uudelleenohjaaminen niin, että Jarrahin yritykset kommunikoida matkustajien kanssa välittyivät sen sijaan lennonjohtajille.
Tom Burnett soitti useita puheluita vaimolleen kello 09:30:32 alkaen riveiltä 24 ja 25, vaikka hänelle oli varattu istumapaikka riviltä 4. Burnett selitti, että koneen olivat kaapanneet miehet, jotka väittivät, että heillä oli pommi. Hän kertoi myös, että yhtä matkustajaa oli puukotettu veitsellä ja että hän uskoi pommiuhkauksen olevan juoni matkustajien hallitsemiseksi. Hän kehotti naista soittamaan viranomaisille ja löi sitten luurin korvaan. Toisen puhelun aikana Burnett sanoi, että puukotettu matkustaja oli kuollut; hän tarkisti, oliko hänellä pulssia, mutta ei löytänyt sitä. Uhri oli todennäköisesti matkustaja Mark Rothenberg. Rothenberg oli ainoa ensimmäisen luokan matkustaja, joka ei soittanut kaappauksen jälkeen. Rothenberg istui paikassa 5B, ja Haznawi istui suoraan hänen takanaan paikassa 6B. Lennolla 11 istumapaikalla 10B istunut Satam al-Suqami hyökkäsi matkustaja Daniel Lewinin kimppuun, joka istui suoraan hänen edessään istuimella 9B. Yksi oletus on, että Haznawi hyökkäsi Rothenbergin kimppuun provosoimatta pelotellakseen muita matkustajia ja miehistöä tottelemaan. Vaihtoehtoisesti Rothenberg saattoi yrittää pysäyttää kaappauksen ja kohdata kaapparit. Burnettin vaimo kertoi hänelle World Trade Centeriin tehdyistä iskuista, ja hän vastasi, että kaappaajat "puhuivat koneen kaatamisesta. ... Voi luoja. Se on itsemurhatehtävä." Hän alkoi kysellä vaimolta tietoja iskuista ja keskeytti hänet aika ajoin kertoakseen muille lähistöllä oleville, mitä hän sanoi. Sitten hän löi luurin korvaan. Seuraavassa puhelussaan Burnett, joka oli saanut tiedon Pentagoniin tehdystä iskusta, kertoi laativansa suunnitelmaa ja "erään ryhmän" auttavan häntä. Hän päätti viimeisen puhelunsa sanomalla: "Älä huoli, me teemme jotain".
Ohjaamossa haavoittunut mies jatkoi valittamista ja ilmeisesti toisteli automaattiohjauksen irrottamista, sillä klo 09:40 kuului torviääniä, jotka viittasivat siihen, että kaappareilla oli toistuvasti ongelmia automaattiohjauksen kanssa ja he näpelöivät vihreää nuppia. "Tämä vihreä nuppi?" toinen kaappareista kysyy toiselta arabiaksi. Toinen kaappaaja vastasi: "Kyllä, se on se". Kello 09:41:56 haavoittunut mies sanoi valittaen: "Voi hitto!".
