Bioniclen tarinakaari vuosina 2001-2008 sijoittui tieteisfantasiamaailmaan, jossa asuu pääasiassa osittain orgaanisia, osittain koneellisia olentoja maanalaisessa maailmassa, joka elää massiivisissa kupoleissa maan alla. Tätä maailmaa (jota kutsutaan "Matoran-universumiksi") ja sen rotuja suojeli aikoinaan Suuri Henki nimeltä Mata Nui, kunnes paha Makuta Teridax ja Makutan veljeskunta heittivät hänet ikuiseen uneen. Matoranien maailma alkoi hajota. Mutta Mata Nuin sisälle tallennettu elämän naamio lähetettiin avaruuteen etsimään uutta planeettaa. Naamio laskeutui Bara Magna -planeetalle ja naamio loi pienen ruumiin.
Vuosi 2009 aloitti kokonaan uuden tarinasaagan, joka jätti edelliset vuodet taakseen ja uskaltautui uusiin mahdollisuuksiin, kun Makuta Teridaxin karkottama Mata Nui syöksyy maahan salaperäiselle karulle planeetalle nimeltä Bara Magna. Täällä hänestä tulee tarinan keskipiste, ja hän saa uusia liittolaisia yrittäessään löytää keinon pelastaa Matoranit ja Toat Makuta Teridaxin hirmuhallinnolta.
2001 - Naamioiden etsintä
Tarina alkaa kuudesta Toa Matasta: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu ja Onua, jotka saapuvat Mata Nui -saareksi kutsutulle saarelle eivätkä muista mitään muuta kuin nimensä. He huomasivat, että asukkaat, Matoran-kyläläiset, joutuvat jatkuvasti tartunnan saaneiden Rahien, raakalaismaisten petojen, hyökkäysten kohteeksi, joita Makuta Teridaxin voimakas vaikutusvalta hallitsee käyttämällä tartunnan saaneita Kanohi-naamioita, mikä aiheutti noin 1000 vuotta kestäneen sodan. Etsittyään ja löydettyään lukuisia Kanohi-naamioita, Toa saa kukin kultaisen Kanohi-naamion, jolla on valtavat voimat, ja etsii itse Makutan. Haastettuaan julmat Manas-raput ja Varjo-Toat (pahat kaksoisolennon kaltaiset toojen harhakuvitelmat), Toat kohtaavat Makutan ja kukistavat hänet yhdistämällä elementtivoimansa.
2002 - Bohrokin parvet
Tappionsa jälkeen Makuta vapautti muinaisen Bohrokin. Bohrokit ovat robottirobotteja, jotka oli suunniteltu "puhdistamaan" Mata Nui -saari "ennenaikaiseksi". Bohrokit alkoivat repiä saaren kyliä, pakottaen matoranit pakenemaan. Eräs kekseliäs Maan Matoran, Nuparu, rakentaa vaurioituneen Bohrokin osista Boxor-nimisen tehokkaan ajoneuvon torjuakseen parvet. Toa, joka ei tiennyt Bohrokin tarkoituksesta, keräsi Bohrokin Kranat (naamion kaltaisia olentoja, jotka toimivat Bohrokin aivoina) kohdatakseen Bohrokin kuningattaret, Bahragit: Cahdok ja Gahdok. Lyödyt Cahdok ja Gahdok suljetaan vankilaan, jonka ovat luoneet Toan elementtivoimat. Sen jälkeen Toa Mata altistetaan Energized Protodermis -nimiselle aineelle, joka muuttaa heidät ja antaa heille uudet panssarit ja aseet. He nimeävät itsensä uudelleen "Toa Nuvaksi".
2003 - Bohrok-Kal-isku ja valon naamio
Kun Cahdok ja Gahdok on kukistettu, Bohrok-parvet pysäytetään ja palautetaan pesiinsä. Kuusi uutta Bohrok-eliittiä, nimeltään Bohrok-Kal, ilmestyi kuitenkin tarkoituksenaan vapauttaa Bahrag. Sen jälkeen he ryhtyivät varastamaan Toa Nuvan voimia, jotka ovat avain sinetin murtamiseen. Tappion partaalla olevat Toat pakottavat kaikki voimansa Bohrok-Kaliin, jolloin ne ylikuormittuvat ja kukistuvat.
Pian tämän jälkeen kaksi matorania, Takua ja Jaller, löysivät Kanohin valonaamion. He saivat tehtäväkseen matkustaa Mata Nuin saaren halki etsimään Valon Toaa. Samaan aikaan Makuta loi ja lähetti kuusi Rahkshi-nimistä olentoa etsimään naamiota ja estämään Valon Toan tulon. Rahkshi repivät Mata Nuin halki ja tuhosivat Ta-Koron ja Onu-Koron kylät. Toa pysäytti Rahkshit, mutta ei ennen Jallerin tappamista. Jallerin kuolema sai Takuan tajuamaan, että hän oli Valon Toa, ja hän puki naamion päälleen tullakseen Toa Takanuvaksi. Takanuva meni kohtaamaan Makutan, ja heidän taistelunsa aikana he molemmat putosivat lammikkoon, jossa oli energisoitunutta protodermistä, hopeanhohtoista ainetta, jolla on voima muuttaa tai tuhota olento, ja he sulautuivat yhteen olennoksi Takutanuva. Takutanuva avasi sitten Metru Nuin kaupungin oven ja päästi Matoranit ja Toat läpi. Käyttämällä osan elämänenergiastaan hän herätti Jallerin henkiin pitäen yhä ovea auki. Energian käyttö oli kuitenkin liian suurta ja Takutanuva murskautui oveen, mikä näytti tappavan sekä Takanuvan että Teridaxin, jättäen jäljelle vain Takanuvan valonaamion. Takanuva herätettiin pian henkiin, kun hänen naamionsa avulla aktivoitiin majakka Metru Nuihin. Sen jälkeen matoranit valmistautuivat palaamaan Metru Nuin saarikaupunkiin.
2004 - Metru Nuin legendat
Kun Matoranit valmistautuivat matkalle Metru Nuihin, Turaga (kylän vanhimmat) paljastivat, että he olivat kerran olleet Tooja, jotka taistelivat Metru Nuissa Morbuzakh-kasviolennon ja Dumen hallitsemien Vahki-joukkojen kaltaisia uhkia vastaan. Matoraneina heidät muutettiin Toa Metruiksi Toa Lhikanin uhraamien, voimaa sisältävien Toa-kivien avulla. Heidän tehtävänään oli löytää kuusi Suurta Kiekkoa ja kukistaa Morbuzakh, kasviuhka, joka uhkasi tuhota kaupungin. Kaupungin Turaga Dume kuitenkin petti heidät. Myöhemmin he saivat selville, että Makuta Teridax oli ottanut Dumen valepuvun ja ottanut haltuunsa Vahkit (lainvalvontarobotit). Hänen suunnitelmansa oli nukuttaa Matoranit, pyyhkiä heidän muistinsa ja herättää heidät uudelleen "valloittajana". Toa pakeni, mutta Teridax hyökkäsi heidän kimppuunsa. Yhdistämällä elementtivoimansa he pystyivät sulkemaan Teridaxin kiteytyneen protodermiksen vankilaan. Toa matkusti uudelle saarelle, joka myöhemmin tunnettiin nimellä Mata Nui, ja vannoi palaavansa pelastamaan matoranit.
2005 - Varjojen verkko
Ne palaavat. Paha kuningas Sidorak ja hänen varakuninkaansa Roodaka olivat kuitenkin hallinneet saarta, ja heidän mukanaan oli ilkeitä hämähäkkimäisiä olentoja nimeltä Visorak. Toa otettiin pian vangiksi ja mutantoitui raakalaismaiseksi Toa Hordikaksi. Palatakseen normaaliksi Toat etsivät legendaarisen Rahi Keetongun. Toa Vakama kuitenkin petti muut Toat ja liittyi Sidorakiin, joka teki hänestä Visorakin johtajan. Muut Toat kohtasivat Visorak-joukon suuressa taistelussa ja vakuuttivat Vakaman liittymään heihin. Sen jälkeen Vakama määräsi Visorakin vapaaksi. Keetongu tappoi sitten Sidorakin, jonka Roodaka ja Vakama pettivät. Kuusi Toa kukisti sitten Roodakan kaikilla kuudella elementtivoimallaan. Tällä oli kuitenkin sivuvaikutuksena Makutan vapautuminen, koska Roodaka kantoi mukanaan sirpaletta hänen vankilastaan. Toa löi häntä tästä syystä. Keetongun palautettua heidät, Toa Metru toi Matoranit uudelle saarelle. Kun he uhrasivat voimansa herättääkseen Matoranit, heistä tuli Turaga, ja myöhemmin he perustivat uusia kyliä tälle Mata Nui -nimiselle saarelle.
2006 - Tuomion saari
Toa Nuva sai tietää, että Mata Nui ei vain nukkunut vaan oli kuolemassa. Pelastaakseen hänet heidän on matkustettava Voya Nuin saarelle ja etsittävä salaperäinen Kanohi Ignika, elämän naamio. Toa Nuva lähtee tälle seikkailulle, mutta joutuvat nopeasti kuuden uuden ja voimakkaan vihollisen, Pirakan, vangiksi: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak ja Avak. He etsivät naamiota omiin pimeisiin tarkoituksiinsa. Kun Toa ei palannut, kuuden Matoranin ryhmä lähti heidän peräänsä. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu ja Matoro pakenivat Toa-kanistereissa saarelle, mutta matkalla Punaisen tähden valopalot muuttivat heidät Toa Inikaksi. Saavuttuaan perille he saavat tietää Piraakoista ja siitä, miten he orjuuttivat paikalliset Matoranit esiintymällä väärinä Tooina saadakseen Matoranit rakentamaan heille linnoituksen. Pienen matoran-vastarinnan ja muinaisen vartijan Axonnin avulla Toa Inika pystyi vapauttamaan Toa Nuvan, löytämään naamion temppelin ja taistelemaan Pirakaa sekä muita sitä vartioivia olentoja vastaan. Lopulta he selviytyivät voittajina Kanohin kanssa. Mutta Elämän naamiolla oli oma tahtonsa, ja viime hetkellä se pakeni heitä kaikkia syöksyen meren syvyyksiin.
2007 - Pimeyden meri
Elämän naamion takaa-ajon jälkeen Toa Inika laskeutui veteen saatuaan salaperäisen vihjeen "pelasta uponnut kaupunki" tuntemattomalta Matoranilta, joka oli pelastanut Hahlin hukkumiselta, mutta kuollut dekompressiotautiin.Elämän naamion energiapurkaus muutti Toa Inikan vedessä hengittäviksi muodoiksi. He löysivät Mahri Nuin asutun kylän, joka oli irtautunut Voya Nuista ja uponnut tuhat vuotta sitten. Kylää uhkasivat muinaiset sotapäälliköt, jotka tunnettiin nimellä Barraki ja jotka olivat mutatoituneet läheisessä mutageenisessa vedessä, jota kutsuttiin nimellä "The Pit". Toa, joka nyt tunnetaan nimellä Toa Mahri, taisteli Barrakia vastaan selviytyäkseen. Kuitenkin, kun Toa sai naamion takaisin, Suuri Henki oli kuollut. Tajutessaan, että toivoa oli vielä jäljellä, Toa Matoro riensi universumin ytimeen ja uhrasi henkensä herättääkseen Mata Nuin henkiin. Elämänsä viimeisinä hetkinä Toa Matoro käytti naamion voimaa teleportatakseen Toa Mahrin takaisin Metru Nuihin ja antaakseen heidän hengittää taas ilmaa. Suuren Hengen henki oli pelastettu, mutta hänet oli vielä herätettävä.
2008 - Viimeinen taistelu
Saatuaan Artakhalta uudet panssarit ja aseet Toa Nuva saapui Karda Nuille, universumin ytimeen. Siellä he kohtasivat Makutan, joka yritti muuttaa Av-Matoranien - Valon Matoranien - väestön Shadow Matoraneiksi. Toa Nuva sai apua Takanuvan saapumisesta, joka pystyy nyt hallitsemaan Valoa ja Varjoa varjopieruhyökkäyksen ansiosta, ja Toa Ignikan, joka on itse Elämän naamio. Kanohi Ignika oli tehnyt itselleen ruumiin, koska se halusi nähdä, millaista oli olla elävä olento. Yhdistetyin voimin ne pääsivät Karda Nuin keskellä sijaitsevaan Codrex-nimiseen rakennelmaan, jossa Toa Ignikan oli uhrattava uusi kehonsa herättääkseen Mata Nuin. Takanuva palautti jäljellä olevien turmeltumattomien Av-Matoranien avulla Varjomatoranit entiseen tilaansa. Pian tämän jälkeen Toat pakenivat ytimestä ennen kuin Mata Nuin heräämisen aiheuttama energiamyrsky ehti tuhota heidät. Makutat eivät kuitenkaan onnistuneet pakenemaan, ja ne kaikki kuolivat. Takaisin Metru Nuissa juhlittiin Mata Nuin heräämistä, mutta juhlinta keskeytyi, kun paljastui, että Teridax oli ottanut haltuunsa Mata Nuin ruumiin, joka paljastui Matoranien universumiksi. Hän vangitsi Mata Nuin hengen Elämän naamariin ja lähetti sen lentämään avaruuteen, jotta entinen Suuri henki ei voisi häiritä hänen universumin hallintaa.
2009 - Legenda syntyy uudelleen
Bioniclen tarina jatkuu sen jälkeen, kun Makuta Teridax karkotti Mata Nuin kehostaan Bara Magna -nimiselle planeetalle. Muutamaa villieläinlajia lukuun ottamatta Bara Magna on karu aavikkoplaneetta, jolla on vain vähän luonnonvaroja, joten jokaisella planeetan heimolla on muutama soturi, joita kutsutaan glatorilaisiksi, jotka taistelevat heidän puolestaan. Nämä resurssit, kuten ruoka ja vesi, jaetaan vastaavasti. Tämän maailman kyläläiset tunnetaan nimellä Agori. Agorit muodostavat yhdessä kuusi eri heimoa, joista kukin on sidoksissa tiettyyn alueeseen. Kun Elämän naamio laskeutuu Bara Magnaan, se luo Mata Nuille ruumiin, jota se voi käyttää. Sen jälkeen Mata Nui liittoutuu muutaman glatorialaisen kanssa kukistaakseen Skrallin ja Luumetsästäjien yhdistetyt voimat, jotka ovat kaksi suurta uhkaa kylille, ja etsiäkseen keinoa palata ruumiiseensa. Uusien glatorialaisten ja agori-ystäviensä avulla hän paljastaa Metus-nimisen petturin ja kukistaa Skrallit ja Luumetsästäjät. Hän auttaa maailman kyliä yhdistymään, ottaa kaikki robotin jättimäiset palaset ja yhdistää ne suureksi prototyyppiseksi robottirungoksi, joka on samanlainen kuin Matoran-universumissa asuva keho.
2010 - Journey's End
Kun Mata Nui on voittanut Skrallin ja nähnyt muiden kylien yhdistyvän, hän kohtaa haasteen ottaa vanha ruumiinsa takaisin Teridaxilta. Hän saa tietää, että Suuret Olennot loivat hänet Spherus Magna -planeetalla, joka on nyt jaettu viidakkokuuhun (Bota Magna), valtameren kuuhun (Aqua Magna) ja jäljelle jääneeseen aavikkoplaneettaan (Bara Magna) Ydinsodan seurauksena. Mata Nui saa myös tietää, että ennen hänen rakentamistaan oli olemassa edellinen robotti, jota agorit käyttävät kotinaan. Tesaran Agori nimeltä Tarduk auttaa Mata Nui'ta näyttämällä hänelle muinaisen voimanlähteen, joka voisi antaa virtaa vanhalle robotille.
Tällä viimeisellä matkalla kaksi sankaria palaa päättämään taistelun: Tahu, joka on palannut alkuperäiseen muotoonsa pukeutumaan voimakkaaseen kultaiseen haarniskaan, ja Takanuva. Heidän apunaan on Gresh. He taistelevat Skakdin sotapäällikköä, Nektannia vastaan kukistaakseen Makutan ja hänen armeijansa, lämpönäöllä aseistautuneita Rahkshi-laumoja ja Skrallia vastaan.
Tarina jatkuu, kun sekä Matoran-universumin että Glatorianin joukot kohtaavat Skakdin, Rahkshin ja Skrallin hyökkäyksen. Makutan räjähdyksen hajottaman kultaisen haarniskan keräävät Tahu, Gresh ja Takanuva lukuisista vihollisista. Tahu voittaa Skakdin sotapäällikkö Nektannin ja pukeutuu sitten haarniskaan, joka polttaa jokaisen Rahkshi Kraatan Bara Magnalla.
Teridax väittää tuhoavansa Bara Magnan gravitaatioenergialla, kunnes Mata Nui pakottaa hänen kätensä ylöspäin, jolloin Teridax lähettää energia-aallon yläpuolella oleviin kuihin. Mata Nui työntää Teridaxin takaisin yhteen syöksyvistä kuista, Bota Magnan vihreään kuuhun, jonka isku tuhoaa Teridaxin ydinprosessorin, mikä tappaa Teridaxin. Sen jälkeen Mata Nui suree mielessään veljeä, joka hänellä olisi voinut olla.
Finaali päättyy, kun Mata Nui käyttää voimiaan ja Elämän naamion voimaa saadakseen Spherus Magnan jälleen yhteen, parantaakseen Pit Mutagenin mutaatioita kokeneet, palauttaakseen elämän takaisin planeetalle ja rakentaakseen uudelleen tuhoutuneet maantieteelliset piirteet. Rasitus saa hänen voimasydämensä hajoamaan ja tuhoaa robotin prototyypin. Kun glatorilaiset ja toat löytävät Ignikan vahingoittumattomana paikasta, jossa Mata Nui oli, Mata Nui puhuu heille Elämän naamion sisältä. Hän kertoo heille, että tulevaisuus on heidän omansa ja heidän rakennettavansa. Sen jälkeen hän pysyy lepotilassa Ignikassa. Agorit, matoranit, toat, glatorilaiset ja kaikki muut aloittavat uuden elämän Spherus Magnalla.
Bioniclen tulevaisuus
Bionicle-lelulinja päättyi vuoden 2009 lopulla, kun vuoden 2010 sarjat oli viimeistelty julkaistavaksi, ja sen korvasi kesällä 2010 Hero Factory, Lego-teema, joka on yhteensopiva Bionicle-sarjojen kanssa. Tästä huolimatta tarina jatkuu Greg Farshteyn kirjoittamissa sarjoissa verkossa osoitteessa BIONICLEstory.com.
