Pyrénées-Atlantiquesin departementissa on kolme arrondissementtia. Ranskan ja muiden maiden departementit on jaettu arrondissementteihin, joita voi suomentaa esimerkiksi piirikunniksi tai englanniksi district (joissakin yhteyksissä myös boroughiksi). Arrondissementin hallinnollista keskusta kutsutaan aliprefektuuriksi.
Kun departementin prefektuuri (pääkaupunki) sijaitsee samassa arrondissementissa, se toimii sekä departementin prefektuurina että kyseisen arrondissementin pääkaupunkina. Pyrénées-Atlantiquesin prefektuuri on Pau.
Arrondissementit ovat valtion paikallishallinnon alaisia yksiköitä; niillä ei ole erillistä valittua päätöselintä kuten kunnilla, vaan niitä johtaa valtion nimeämä prefekti tai aliprefekti. Arrondissementit voivat muuttua hallinnollisissa uudelleenjärjestelyissä, ja niiden rajat määräytyvät valtakunnallisten hallinnollisten päätösten mukaan.
Arrondissementit jakautuvat edelleen kantoneihin ja kuntiin. Pyrénées-Atlantiquesissa yhdistyvät historialliset alueet — Béarn ja baskialue (Pays Basque) —, mikä näkyy myös arrondissementtien kulttuurisissa ja maantieteellisissä eroissa.
Pyrénées-Atlantiquesin arrondissementit ovat:
- Pau (prefektuuri) — Pau on departementin hallinnollinen keskus ja toimii samalla prefektuurina sekä oman arrondissementtinsa pääkaupunkina. Pau on alueen talous-, koulutus- ja hallintokeskus sekä portti Pyreneiden itäisempiin laaksoihin.
- Bayonne (aliprefektuuri) — Bayonne toimii aliprefektuurina ja kattaa Atlantin rannikolla sijaitsevia alueita, mukaan lukien osa baskialueesta. Bayonne on tärkeä satamakaupunki, kulttuurin ja gastronomian keskus.
- Oloron-Sainte-Marie (aliprefektuuri) — Oloron-Sainte-Marie on toinen aliprefektuuri, joka kattaa Pyreneiden juurella ja vuoristoisilla alueilla sijaitsevia kuntia. Se palvelee maaseutu- ja vuoristoalueiden hallinnollisena keskuksena.
Yksityiskohtaiset luettelot kunkin arrondissementin kantoneista ja kunnista löytyvät erillisistä hallinnollisista luetteloista ja tilastoista. Huomaa myös, että departementin nimi oli aiemmin Basses-Pyrénées; nykyinen nimi Pyrénées-Atlantiques otettiin käyttöön vuonna 1969.