Taksonomia on tieteenala, joka kuvaa ja järjestää eliöitä (ja joskus muitakin kohteita) yhtenäisiin luokkiin. Se käsittelee luokittelun periaatteita, käytännön menetelmiä sekä nimistöä: miten lajit nimetään, kuvataan ja ryhmitellään. Taksonomian rinnalla toimiva läheinen ala on systematiikka tai filogeneettinen tutkimus, jossa pyritään selittämään eliöryhmien sukulaisuussuhteet ja kehityshistoria evoluution näkökulmasta.
Tunnetuin taksonomian sovellus on (elävien ja sukupuuttoon kuolleiden) elämänmuotojen luokitteluun. Jokaisella tunnistetulla organismilla pyritään antamaan virallinen, maailmankielinen tieteellinen nimi. Tämä nimi kuuluu kyseisen lajin biologiseen luokitteluun ja auttaa tutkijoita kommunikoimaan yksiselitteisesti yli kieli- ja maakuntarajojen. Laji on myös sijoitettu osaksi elämänpuuta: esimerkiksi Varis on siis Corvus corone, joka kuuluu Corvidae-heimoon, ja ne on perinteisesti ryhmitelty varislintuihin. (Huom. alkuperäisessä tekstissä mainittiin virheellisesti "vesilintuja" — varislinnut eivät ole vesilintuja.) Luokittelun yksityiskohdista ja rajauksista käydään usein tieteellistä keskustelua, ja luokitukset voivat muuttua uusien tutkimustulosten myötä.
Nykyisen laajasti käytetyn näkemyksen mukaan elävät olennot voidaan jakaa kolmeen pääalueeseen: bakteereihin, arkeoihin ja eukaryooteihin. Tämän jaon ylin hierarkiataso kutsutaan suomeksi usein alueeksi (engl. domain). Perinteisempi ylin taso on valtakunta; käytännöt vaihtelevat ryhmästä riippuen.
Hierarkkisessa luokittelussa yleisiä päätasojaja ovat (korkeimmasta alaspäin): valtakunta, fylle (phylum), luokka, järjestys, heimo, suku ja laji. Monissa ryhmissä käytetään myös väli- ja lisätasoja kuten alakunta, lahko, alalahko tai alalaji. Kussakin valtakunnassa on monia pienempiä ryhmiä, joita kutsutaan fylleiksi. Kussakin fylessä on useampia pienempiä ryhmiä, joita kutsutaan luokiksi. Ajatus on samanlainen kuin puussa: suuremmista oksista erkanee pienempiä oksia ja lopulta yksittäiset lajit ovat oksien kärjessä.
Kun uusi laji kuvataan ja sille annetaan virallinen tieteellinen nimi, käytössä on yleensä kaksiosainen nimitapa, eli binomiaalinen nimikkeistö, jossa kullakin organismilla on kaksi nimeä. Ensimmäinen nimi on suvun (suku) nimi ja toinen lajinnimi. Molemmat kirjoitetaan tyypillisesti latinaksi tai latinisoituina. Esimerkiksi kotikissan tieteellinen nimi on Felis catus. Käytännössä nimestä yleensä kursivoidaan genus ja laji, genus kirjoitetaan isolla alkukirjaimella ja laji pienellä (esim. Homo sapiens), ja genus voidaan yksinkertaistaa muodossa F. catus, kun konteksti on selvä.
Taksonomiaan liittyy useita käytännön sääntöjä ja periaatteita, joilla pyritään nimeämisen ja luokittelun vakiointiin: tyypillisesti ensimmäisen validin julkaisun nimi saa etuoikeuden (prioriteetti), kuvaus liitetään tyypinäytteeseen (type specimen) ja nimeämisessä ilmoitetaan usein nimenantajan nimi ja julkaisuvuosi. Kasvien, sienten ja levien nimistössä sovelletaan kansainvälistä kasvitieteellistä nimistöä (ICN), ja eläinten nimistössä eläintieteellistä nimistöä (ICZN); kummallakin on omat sääntönsä ja käytäntönsä.
Näiden periaatteiden takia latinan käyttö on ollut pitkään perusteltua: latinaa käytettiin Euroopassa laajalti, ja koska latina on kuollut kieli, nimistö muuttuu vähemmän ja pysyy kansainvälisesti yhdenmukaisena. Nykyään nimet yleensä ovat latinalaisperäisiä tai latinisoituja, mutta kuvauskieli voi olla muu.
Tutkijat laativat aiemmin uusien lajien viralliset kuvaukset lähes poikkeuksetta latinaksi. Kansainvälinen kasvitieteellinen kongressi hyväksyi kuitenkin 1. tammikuuta 2012 käytännön muutoksen, jonka myötä uusien kasvilajien kuvaus voidaan julkaista joko latinaksi tai englanniksi (eli englanninkielinen kuvaus on sallittu latinan rinnalla). Eläintieteellisen nimikkeistön kansainvälisessä säännöstössä ei ole samanlaista pakollista latinankielisyyttä kuvaustekstille; käytännössä suositellaan käyttämään kuvauskieltä, joka on laajalti ymmärretty ja asianmukainen alueella, jossa laji esiintyy, mutta nimeämisessä nimen muoto yleensä latinisoidaan.
Taksonomian nykyaika kehitys: DNA-sekvenssit, molekyylijäljet ja monimuotoiset analyysimenetelmät (morfologia, biokemia, käyttäytyminen, biogeografia) ovat muuttaneet ja tarkentaneet luokituksia. Monet perinteiset ryhmät on yhdistetty, ja toisia on jaettu uudelleen filogeneettisten todisteiden perusteella. Taksonomia on siis dynaaminen tiede, jossa nimien ja ryhmittymien sisältö voi muuttua tieteen edetessä.
Joitakin muistisääntöjä, jotka auttavat muistamaan taksonomian hierarkian (yksinkertaistettu suunta ylöspäin tai alaspäin):
- Kuningas Filip saapui Suur-Espanjasta
- Kuningas Phillip tuli viinirypälejuomaa syömään.
- Pidä lammet puhtaana tai sammakot sairastuvat
- Valtakunta → Fylle → Luokka → Järjestys → Heimo → Suku → Laji (lyhyt muistikuva)
Yhteenvetona: taksonomia tarjoaa järjestelmän, joka auttaa kuvaamaan ja ymmärtämään elämän monimuotoisuutta ja organismien sukulaisuussuhteita. Se yhdistää nimistön, luokittelun ja filogenian käsitteet, ja sen käytännöt päivittyvät tieteellisen tiedon karttuessa.