Yhtenäiskirkko on kiistanalainen järjestö. Joidenkin mielestä se on kultti, jolla on outoja piirteitä. Sun Myung Moon esimerkiksi sanoo olevansa "Pelastaja, Messias, palaava Herra" ja käyttää senaatin toimistorakennusta kruunajaisseremoniaan. Hän sanoi myös, että hänen opetuksensa ovat auttaneet Hitleriä ja Stalinia "syntymään uudelleen uusiksi ihmisiksi". Monet maat ovat tunnustaneet järjestön laillisiin tarkoituksiin vilpittömäksi uskonnoksi. Tämä tarkoittaa, että yhdistymiskirkon on maksettava vähemmän veroja tai ei lainkaan veroja.
Jotkut epäilevät järjestön uskonnollista alkuperää. Frederick Sontag, filosofian professori, jonka näkemys kirkosta ei ole enää suotuisa, on tutkinut yhdistymiskirkkoa 11 kuukauden ajan. Hän totesi, että "yksi asia on varma: kirkolla on aito hengellinen perusta". Saksalainen tuomioistuin teki samanlaisen havainnon.
Jotkut vastustajat ovat sanoneet, että kirkon päätarkoitus on edistää Moonin poliittisia pyrkimyksiä, kuten yhden maailman hallituksen muodostamista.
B. A. Robinson kirjoitti:
Yhdistymiskirkon jäsenyydellä voi kuitenkin olla myös kielteinen puoli. Niiden keskeiset, omistautuneet jäsenet hyväksyvät ankaran kurin ja voivat kehittyä syvästi kirkkoon sitoutuneiksi. Heidän on pysyttävä selibaatissa ennen avioliittoa, pidättäydyttävä tupakasta ja alkoholista ja tehtävä pitkiä työpäiviä. Ryhmästä voi tulla heidän koko elämänsä, heidän uskonnollisten, kulttuuristen, sosiaalisten ja muiden tukijärjestelmiensä lähde. Jos he pettyvät johonkin kirkon osa-alueeseen, tämän epätavallisen omistautuneiden jäsenten vähemmistön voi olla hyvin vaikeaa erota järjestöstä ja hylätä nämä tukiverkostot. Kun he eroavat, he ovat usein vihaisia itselleen ja kirkolle ja uskovat, että he ovat hukanneet ehkä vuosia elämästään ryhmään. Tämä ongelma on yhteinen kaikille korkean intensiteetin kirkkokunnille, jotka vaativat suurta sitoutumista ryhmään, kuten Jehovan todistajat, mormonit ja (pappien ja nunnien osalta) roomalaiskatolinen kirkko.
Rahan väärinkäyttö
Arvostelijat viittaavat sääntöjenvastaisuuksiin rahan käytössä. He korostavat kirkon roolia Moonin henkilökohtaisessa rikastumisessa. Moonin perheen tilannetta kuvataan "ylellisyydeksi ja etuoikeuksiksi" ja "tuhlailevaksi".
Nansook Hong asui Moonin perheen kanssa 14 vuotta. Hän kuvailee yhdistymiskirkkoa "käteisoperaatioksi". Hän huomautti myös, että esimerkiksi rahan liikkeet ovat olleet kyseenalaisia: "He kertoivat tullimiehille, että he olivat Amerikassa pelaamassa Atlantic Cityssä. Lisäksi monet kirkon ylläpitämät yritykset olivat käteisoperaatioita, kuten useat japanilaiset ravintolat New Yorkissa. Näin kirkon päämajan käteistoimituksia, jotka menivät suoraan rouva Moonin kaapissa olevaan seinäkaappiin." 1990-luvulla tuhannet japanilaiset vanhukset väittivät, että Moonin seuraajien hengellisillä myynneillä oli huijattu heidän elinkaarensa säästöt. Moonin kirkko joutui Japanin historian suurimman kuluttajapetostutkinnan kohteeksi vuonna 1997, ja useissa myöhemmissä oikeuden päätöksissä tuomittiin satoja miljoonia jeniä, muun muassa 37,6 miljoonaa jeniä (300 000 dollaria) kahdelle naiselle, jotka pakotettiin lahjoittamaan omaisuutensa yhdistymiskirkolle.
Rekrytointi ja väitteet aivopesusta
Yhdysvalloissa 1970-luvulla tiedotusvälineet kertoivat unifioitujien rekrytointimenetelmistä, joihin kohdistettiin suuria paineita, ja sanoivat, että kirkko erotti haavoittuvat yliopisto-opiskelijat perheistään aivopesun tai mielenhallinnan avulla.
Moon torjui tämän kritiikin ja totesi vuonna 1976, että hän oli saanut monia kiitoskirjeitä vanhemmilta, joiden lapset olivat tulleet lähemmäksi heitä liityttyään liikkeeseen. (Vuonna 1977 Moon laittoi kaikkiin yhdysvaltalaisiin yhdistymiskirkkoihin ilmoituksen, jossa hän kehotti kaikkia jäseniä kirjoittamaan perheilleen vähintään kerran kymmenessä päivässä).
Moonilta ja hänen vaimoltaan kiellettiin maahantulo Saksaan ja muihin 14 Schengenin sopimuksen maahan sillä perusteella, että he ovat sellaisen lahkon johtajia, joka vaarantaa nuorten henkilökohtaisen ja sosiaalisen kehityksen. Alankomaat ja muutamat muut Schengen-maat päästivät Moonin ja hänen vaimonsa maahan vuonna 2005. Vuonna 2006 Saksan korkein oikeus kumosi kiellon.
Poliittinen toiminta
Yhdistymiskirkon arvostelijat ovat syyttäneet järjestöä siitä, että se on ollut tiiviisti mukana CIA:n salaisissa operaatioissa kommunismia vastaan Koreassa 1960-luvulla. Kirkon tiedetään osallistuneen aseiden ja ampumatarvikkeiden valmistukseen Koreassa 1960-luvulta lähtien, kuten Yhdysvaltain kongressin vuonna 1978 laatimassa Unification Churchia koskevassa raportissa todetaan. Korean yhdistymiskirkon jäsenten selityksenä on, että kaikkien Etelä-Koreassa liiketoimintaa harjoittavien valmistajien edellytettiin toimittavan aseita armeijalle.
Sun Myung Moonin kiistelty uskonnollinen ja poliittinen yhdistymisliike, johon kuuluu yhdistymiskirkon lisäksi valtava joukko kansalaisjärjestöjä, kuten Washington Times Foundation, on poliittisesti liittoutunut Jerry Falwellin ja Tim LaHayen kaltaisten evankelisten kristittyjen kanssa. Tätä näkemystä kannattavat kannattajat ovat kyseenalaistaneet kirkon verovapaan aseman Yhdysvalloissa väittäen, että kirkkoon liittyvien ryhmien poliittinen toiminta on kirkon luvatonta tunkeutumista poliittisille alueille.
Pastori Moonin uskottomuus
Vuonna 1998 ilmestyneessä kirjassaan Kuiden varjossa: My Life in the Reverend Sun Myung Moon's Family, Nansook Hong, Sun Myung Moonin ja Hak Ja Hanin vanhimman pojan Hyo Jin Moonin entinen vaimo sanoi, että sekä Sun Myung Moon että Hak Ja Han kertoivat hänelle Sun Myung Moonin avioliiton ulkopuolisista suhteista (joita hän sanoi, että Sun Myung Moon kutsui "providential affairs"), mukaan lukien yhdestä, joka johti kirkon johtajan kasvattaman pojan syntymään, jonka Sun Myung Moonin tytär Un Jin Moon nimesi uutisohjelmassa 60 Minutes.
Vuonna 1993 Chung Hwa Pak julkaisi japanilaisen Koyu Publishing Co:n kautta kirjan Roku Maria no Higeki (Tragedy of the Six Marys). Kirja sisälsi väitteitä siitä, että Moon suoritti seksirituaaleja kuuden naimisissa olevan naisoppilaan ("Kuusi Mariaa") keskuudessa, joiden oli tarkoitus valmistella tietä neitsyelle, joka menisi naimisiin Moonin kanssa ja josta tulisi Todellinen Äiti. Chung Hwa Pak oli jättänyt liikkeen, kun kirja julkaistiin, ja myöhemmin hän veti kirjan pois painosta, kun hän liittyi uudelleen yhdistymiskirkkoon. Ennen kuolemaansa Chung Hwa Pak julkaisi toisen kirjan, The Apostate, ja perui kaikki Roku Maria no Higekissä esitetyt väitteet.
Etelä-Amerikka
Brasilian ja Paraguayn viranomaiset ovat ilmaisseet huolensa siitä, että kirkko on viime vuosina ostanut Etelä-Amerikasta laajoja maa-alueita, joiden pinta-ala on satoja tuhansia hehtaareja.
Toukokuussa 2002 Brasilian liittovaltion poliisi teki useita ratsioita Sun Myung Mooniin liittyviin järjestöihin. Poliisi totesi lausunnossaan, että ratsiat olivat osa laajaa tutkintaa, joka koski väitteitä Moonin järjestön harjoittamasta veronkierrosta ja maahanmuuttorikkomuksista. Ratsiat tehtiin Rio de Janeirossa, São Paulossa ja Moonin Brasilian pääedustajan, pastori Kim Yoon-sangin henkilökohtaisella asunnolla, ja ratsioiden kohteena oli yhdistys Association of Families for Unification and World Peace. Vuoteen 2008 mennessä Brasilian hallitus ei ole ryhtynyt tutkimusten perusteella oikeudellisiin toimiin.
Homovastaiset opetukset
Moon on puhunut kiivaasti homoseksuaalista toimintaa vastaan. Kirkon jäsenille pitämissään puheissa hän vertasi homoseksuaaleja "likaisiin lantaa syöviin koiriin" ja ennusti, että "homot tullaan eliminoimaan" "Jumalan käskystä tapahtuvassa puhdistuksessa". Homojen oikeuksia puolustavat ryhmät arvostelivat näitä lausuntoja.
B. A. Robinson Ontarion uskonnollisen suvaitsevaisuuden neuvonantajista kirjoitti:
Kun korostetaan miesten ja naisten välistä seksiä ainoana pätevänä mallina ja heteroseksuaalista avioliittoa ainoana ihanteena, on perusteltua odottaa, että yhdistymiskirkko suhtautuu homoseksuaaliseen käyttäytymiseen hyvin kielteisesti:
- Aktiivisesti homoseksuaalisia henkilöitä ei hyväksytä jäseniksi.
- Aktiivisesti homoseksuaaliset henkilöt kiellettäisiin papiston jäsenyydestä.
- Useimmat kirkon johtajat ovat naimisissa ja heillä on vakiintuneet perheet.
- Koska he pitävät homojen tai lesbojen sitoutunutta suhdetta Jumalan ihanteen ulkopuolisena, homoseksuaaleille ei järjestetä sitoutumistilaisuuksia.
- Heidän käytäntönään on vihata syntiä mutta rakastaa syntistä.
- He pitävät homoseksuaalista käyttäytymistä poikkeamana Jumalaan keskittyvästä perheestä.
