Konseptointi
Alueen kuvernööri Andrew Reeder mainitsi ensimmäisen kerran 3. heinäkuuta 1855 ajatuksen Kansasin territorion julkisesta yliopistosta. Hän piti puheen ensimmäisen territoriaalisen lainsäätäjän jäsenille ja totesi seuraavaa: "Yleissivistyksen välttämättömyyden käsitteleminen hyvän hallituksen aikaansaamiseksi", hän sanoi lainsäätäjille, "olisi tänä päivänä ylivertaista, ja jätän asian teidän käsiinne luottaen siihen, että se saa ansaitsemansa huomion." Hänen puheensa jälkeen istunto vastasi luomalla alueelle yleiskoulujärjestelmän. He hyväksyivät myös "Kansasin territorion yliopiston" perustamiskirjan, joka ehdotettiin rakennettavaksi Douglasiin, Kansasiin (lähellä nykyistä Lecomptonia). Ehdotettua yliopistoa ei kuitenkaan koskaan rakennettu.
Lawrencen asukkaat olivat ensimmäisen kerran ajatelleet yksityisen Free-State-yliopiston avaamista kaupunkiin, kun se perustettiin. Tämä tapahtui kesällä 1854. Samana syksynä yksi Uuden Englannin siirtolaisavustusyhdistyksen jäsenistä, Charles Robinson, kertoi rahastonhoitaja Amos Adams Lawrencelle, että Lawrencen asukkaat perustaisivat collegen mahdollisimman pian. Sen oli tarkoitus sijaita Hogback Ridgen (joka myöhemmin tunnettiin nimellä Mount Oread) huipulla. Vuoteen 1856 mennessä Lawrencen yksityistä collegea ei ollut vielä perustettu. Lawrencen asukkaat toivoivat kuitenkin edelleen sellaisen perustamista. He alkoivat myös toivoa, että se voitaisiin myöhemmin muuttaa osavaltion yliopistoksi. Joulupäivänä 1856 joukko Lawrencen tärkeitä ihmisiä hyväksyi liikekomitean lakiesityksen. Siinä sanottiin, että oli tullut aika perustaa Lawrenceen yliopisto. Collegea johtamaan valittiin viisitoista luottamushenkilöä. He valitsivat välittömästi komitean, joka anoi kongressilta maata. Arvioitiin, että collegea varten tarvittaisiin 100 000 dollaria, jotta se saataisiin kunnolla käyntiin. Uskottiin myös, että lähes kaikki nämä rahat olisi hankittava Kansasin alueen ulkopuolelta. Alueen lainsäätäjä perusti yksityisen "Lawrencen yliopiston" tammikuussa 1859. Kansanedustajat eivät kuitenkaan koskaan pystyneet perustamaan Lawrencen yksityistä collegea.
Perustaminen
Vuonna 1859 Wyandotten perustuslakiin - perustuslakiin, jolla Kansasista tuli osavaltio - kirjattiin osia osavaltion yliopiston perustamisesta. Kansasin osavaltion ensimmäinen lakiasäätävä kokous vuonna 1861 hyväksyi lakiehdotuksen, jolla perustettiin osavaltion yliopisto Manhattanille, Kansasiin. He käyttivät olemassa olevan Blue Mont Central Collegen varoja. Lawrencen kuvernööri Charles Robinson käytti kuitenkin veto-oikeuttaan lakiehdotusta vastaan. Veto-oikeuden kumoamisyritys lainsäädäntöelimessä epäonnistui kahdella äänellä. Vuonna 1862 toinen lakiehdotus, jonka mukaan Manhattanista tulisi osavaltion yliopiston sijaintipaikka, hylättiin yhdellä äänellä. Helmikuun 16. päivänä 1863 osavaltio hyväksyi Manhattanin tarjouksen lahjoittaa Blue Mont Collegen rakennus ja alue, ja se perusti sinne osavaltion maayliopiston. Siitä tulisi Kansasin osavaltion yliopisto.
Lainsäätäjä kuitenkin sanoi, että Manhattanin maaopetuslaitos on eri asia kuin "osavaltion yliopisto". Helmikuun 20. päivänä 1863 Kansasin kuvernööri Thomas Carney allekirjoitti lain, jolla perustettiin Lawrencen osavaltion yliopisto. Laissa sanottiin, että jos Lawrence haluaisi yliopiston, Lawrencen olisi annettava 15 000 dollarin lahjoitusrahasto ja paikka yliopistolle. Paikan olisi oltava kaupungissa tai sen lähellä, ja sen oli oltava vähintään neljänkymmenen hehtaarin (160 000 m²) kokoinen. Jos Lawrence ei tekisi näitä, Emporia saisi yliopiston Lawrencen sijaan.
Yliopiston sijaintipaikaksi valittiin kukkula, joka tunnettiin nimellä Mount Oread tai Hogback Ridge. Sen omisti Kansasin entinen kuvernööri Charles L. Robinson. Robinson ja hänen vaimonsa Sara vaihtoivat 40 hehtaarin (160 000 m2 ) suuruisen alueen Kansasin osavaltiolle vastineeksi maasta jossain muualla. Filantrooppi Amos Adams Lawrence antoi 10 000 dollaria tarvittavaan lahjoitusrahastoon. Lawrencen asukkaat hankkivat loput rahat laskemalla liikkeeseen velkakirjoja, joita kuvernööri Carney tuki. Marraskuun 2. päivänä 1863 kuvernööri Carney ilmoitti, että Lawrence oli täyttänyt ehdot osavaltion yliopiston saamiseksi. Maaliskuun 1. päivänä 1864 Kansasin yliopisto perustettiin virallisesti.
Koulun johtokunta piti ensimmäisen kokouksensa maaliskuussa 1865. Tämä on tapahtuma, jonka perusteella KU on perustettu. Ensimmäisen college-rakennuksen (Old North College) rakennustyöt alkoivat myöhemmin samana vuonna. Heinäkuun 19. päivänä 1866 Regents Board of Regents valitsi KU:n kolme ensimmäistä tiedekunnan jäsentä.
Kansasin yliopisto avattiin virallisesti 12. syyskuuta 1866. Valmistavaan kouluun oli rekisteröitynyt 26 tyttöä ja 29 poikaa. Koulu aloitti yliopistotasoisten luokkien opetuksen vuonna 1869. Ensimmäinen luokka (neljän opiskelijan luokka) valmistui yliopistosta vuonna 1873. Se oli yksi ensimmäisistä julkisista korkeakouluista, joihin otettiin tasapuolisesti naisia ja miehiä Yhdysvalloissa.
Näistä lähtökohdista alkoi kilpailu Kansasin osavaltion vanhimman julkisen korkeakoulun Kansas Staten kanssa.
Yksi 1870-luvun alun opiskelijoista oli kirjailija ja toimittaja Frank Harris. Muistelmiensa (My Life and Loves, 1922) ensimmäisessä osassa hän kuvailee yliopistossa tuolloin vallinnutta älyllistä ilmapiiriä. Hänen mukaansa konservatismi oli valtaamassa yliopiston uusenglantilaiset liberaalit juuret.
Huhtikuussa 1874 julkaistiin koulun ensimmäinen vakava opiskelijajulkaisu, Observer of Nature. Maaliskuussa 1878, entinen kansleri James Marvin johti koulun ensimmäinen "kampuksen kaunistaminen" projekti. Yli 300 puuta istutettiin, mukaan lukien alue, joka tunnetaan nykyään nimellä "Marvin Grove".
"Rock Chalk Jayhawk"
Toukokuussa 1886 professori Edgar Henry Summerfield Bailey ehdotti ensimmäisen kerran huutoa, josta tuli "Rock Chalk Jayhawk, K.U." -laulu. Baileyn alun perin KU:n tiedekerhoa varten luoma versio oli kolme kertaa toistettu "Rah, Rah, Jayhawk, KU". Rahit korvattiin myöhemmin "Rock Chalkilla". Tämä on muunnos sanasta chalk rock, joka on nimi kalkkikivelle, jota löytyy Mount Oreadista, jossa Lawrencen kampus sijaitsee. Ajan myötä laulusta tuli maailmanlaajuisesti tunnettu. Yhdysvaltain entinen presidentti Theodore Roosevelt sanoi, että se oli "hienoin college-laulu, jonka hän oli koskaan kuullut". Vuonna 1920 Belgian kuningas pyysi normaalia amerikkalaista college-laulua olympialaisiin. Keskustelun jälkeen kisojen urheilijat sopivat Rock Chalk -laulusta.