Genomi
Eliön genomi on sen DNA:han (tai joidenkin virusten osalta RNA:han) koodattu perintöaines. Tähän sisältyvät sekä geenit että DNA:n ei-koodaavat sekvenssit. Professori Hans Winkler keksi termin vuonna 1920.
Winklerin määritelmä on suomennettuna seuraava:
"Ehdotan haploidille kromosomikokonaisuudelle ilmaisua genomi, joka yhdessä asiaan kuuluvan protoplasman kanssa määrittää lajin aineelliset perusteet ...." p165
Mikään yksittäinen haploidinen kromosomisarja ei kuitenkaan määrittele edes lajin DNA:ta. Koska populaatiossa on valtava määrä erilaisia alleeleja, jokainen yksilö on geneettisesti erilainen. Jopa diploidinen yksilö kantaa geneettistä monimuotoisuutta. Tästä syystä Dobzhansky käytti mieluummin käsitettä "kromosomijoukko", ja määritelmän on nyt oltava laajempi kuin Winklersin määritelmä. Haploidisen kromosomisarjan genomi on vain näyte lajin geneettisestä kokonaislajistosta.
Termiä "genomi" voidaan käyttää erityisesti tarkoittamaan täydellistä ydin-DNA:ta ("ydingenomi"), mutta sitä voidaan käyttää myös organelleista, jotka sisältävät oman DNA:nsa, kuten mitokondrioiden tai kloroplastien genomi.
Genomin koot
| Organismi | Genomin koko (emäspareina) | Huomautus |
| Virus, bakteriofagi MS2 | 3569 | Ensimmäinen sekvensoitu RNA-genomi |
| Virus, SV40 | 5224 | |
| Virus, faagi Φ-X174 | 5386 | Ensimmäinen sekvensoitu DNA-genomi |
| Virus, faagi λ | 5×10 4 | |
| Bakteeri, Candidatus Carsonella ruddii -bakteeri, Candidatus Carsonella ruddii | 1.6×10 5 | Pienin ei-viruksellinen genomi, helmikuu 2007 |
| Bakteeri, Escherichia coli | 4×10 6 | Parhaiten tutkittu bakteeri. |
| Bakteeri, Solibactoer usitatus | 1×10 7 | Suurin tunnettu bakteerien genomi |
| Protisti, Amoeba dubia | 6.7×10 11 | Suurin tunnettu genomi, mutta kiistanalainen. |
| Kasvi, Arabidopsis thaliana | 1.57×10 8 | Ensimmäinen kasvien genomi sekvensoitu, joulukuu 2000. |
| Kasvi, Genlisea margaretae | 6.34×10 7 | Pienin kirjattu kukkivien kasvien genomi, 2006. |
| Kasvi, Fritillaria assyrica | 1.3×10 11 | |
| Kasvi, Populus trichocarpa | 4.8×10 8 | Ensimmäinen puun genomi, syyskuu 2006 |
| Hiiva, Saccharomyces cerevisiae | 2×10 7 | |
| Sieni, Aspergillus nidulans | 3×10 7 | |
| Nematodi, Caenorhabditis elegans | 9.8×10 7 | Ensimmäinen monisoluisen eläimen genomi, joulukuu 1998. |
| Hyönteinen, Drosophila melanogaster eli hedelmäkärpänen. | 1.3×10 8 | |
| Hyönteinen, Bombyx mori eli silkkiperhonen. | 5.30×10 8 | |
| Hyönteinen, Apis mellifera eli hunajamehiläinen. | 1.77×10 9 | |
| Kala, Tetraodon nigroviridis, pufferikalojen laji. | 3.85×10 8 | Pienin tunnettu selkärankaisten genomi |
| 3×10 9 | ||
| Kala, Protopterus aethiopicus eli marmoroitu keuhkokala. | 1.3×10 11 | Suurin tunnettu selkärankaisten genomi |
Huomautus: yhden ihmissolun DNA:n pituus on ~1,8 metriä (mutta leveys ~2,4 nanometriä).
Aiheeseen liittyvät sivut
- Gene
- Sekvenssianalyysi
- Ihmisen genomi
- ENCODE: ihmisen genomin täydellinen analyysi
Kysymyksiä ja vastauksia
K: Mikä on genomi?
A: Genomi on koko organismin perimätieto, joka on koodattu sen DNA:han (tai joidenkin virusten osalta RNA:han). Tähän sisältyvät sekä geenit että DNA:n ei-koodaavat sekvenssit.
K: Kuka keksi termin "genomi"?
V: Professori Hans Winkler keksi termin "genomi" vuonna 1920.
K: Mitä Winkler määritteli genomiksi?
V: Winkler määritteli genomin "haploidiseksi kromosomikokonaisuudeksi, joka yhdessä asiaan kuuluvan protoplasman kanssa määrittää lajin aineellisen perustan".
K: Onko jokaisella yksilöllä geneettistä monimuotoisuutta?
V: Kyllä, populaation kantamien alleelien vuoksi jokainen yksilö on geneettisesti erilainen. Jopa diploidiset yksilöt kantavat geneettistä monimuotoisuutta.
K: Mitä tarkoitetaan, kun puhutaan "ydingenomista"?
V: Kun puhumme "ydingenomista", sillä tarkoitetaan nimenomaan täydellistä ydin-DNA:ta.
K: Onko olemassa muita genomeja kuin ydingenomit?
V: Kyllä, on olemassa myös mitokondrioiden genomit ja kloroplastien genomit, jotka sisältävät omaa DNA:ta.
