Tori oli pettynyt albuminsa epäonnistumiseen. Hänen oli jatkettava useampien albumien äänittämistä Atlantic Recordsille, koska hänellä oli sopimus, jonka mukaan hän voisi äänittää jopa kuusi albumia, jos he pyytäisivät häntä. Tori kokosi albumin itse, mutta kun hän soitti musiikkia levy-yhtiön väelle, he eivät pitäneet siitä. Hän käytti enemmän aikaa musiikkiin ja muutti joitakin kappaleita, kunnes levy-yhtiö oli tyytyväinen.
Vuonna 1991 Tori julkaisi toisen albuminsa Little Earthquakes (Y Kant Tori Readin jälkeen.) Tämä albumi oli menestys. Albumin sanoitukset kertoivat henkilökohtaisista muistoista ja tunteista, joita Torilla oli. Ne käsittelivät aiheita kuten uskontoa, seksiä ja aikuistumista. Yksi kappale, nimeltään "Me and a Gun", oli henkilökohtainen, koska se kertoi ajasta, jolloin Tori raiskattiin.
Vuonna 1993 Tori julkaisi kolmannen albuminsa Under the Pink. Tämä albumi oli vieläkin menestyksekkäämpi kuin edellinen. Sanoitukset käsittelivät edelleen Little Earthquakesin aiheita. Se sisälsi kappaleen nimeltä "Icicle", joka kertoi lapsuuden masturbaatiosta.
Tori julkaisi neljännen albuminsa Boys For Pele vuonna 1996... Tämä oli paljon pidempi albumi, sillä siinä oli 18 kappaletta. Musiikki oli monimutkaisempaa ja sisälsi erilaisia musiikkityylejä ja soittimia. Kriitikot olivat albumista eri mieltä. Joissakin arvosteluissa sanoitettiin, että sanoituksista oli vaikea saada tolkkua ja että musiikkia ei ollut helppo kuunnella. Toisten arvostelujen mukaan kappaleet olivat hyvin mielenkiintoisia ja ainutlaatuisia. Eriävistä mielipiteistä huolimatta Boys For Pele menestyi maailmanlaajuisesti.
Vuonna 1998 Tori julkaisi viidennen albuminsa From the Choirgirl Hotel. Sen sijaan, että hän olisi keskittynyt enimmäkseen pianoon ja moniin eri instrumentteihin, tämä albumi sisälsi musiikkityylin nimeltä "electronica". Tämäntyyppisessä musiikissa käytetään usein tietokoneita musiikillisten äänien ja rytmien luomiseen. Torilla oli myös useimmissa kappaleissa mukana kokonainen bändi, johon kuului kitara, rummut ja bassokitara. Albumin sanoitukset olivat edelleen hyvin henkilökohtaisia. Aiheina olivat muun muassa Torin omat useiden vauvojen keskenmenot ja hänen avioliittonsa. Suurin osa albumin arvosteluista oli hyvin myönteisiä. Albumi myi ensimmäisellä viikolla enemmän kappaleita kuin mikään hänen muista albumeistaan ensimmäisellä viikollaan. Albumin kokonaismyynti ei kuitenkaan ollut yhtä suuri kuin minkään hänen aiempien albumiensa.
Tori julkaisi kuudennen albuminsa To Venus and Back vuonna 1999. Kyseessä oli tupla-albumi. Usein tuplalevy tarkoittaa, että mukana on kaksi levyä, kasettia tai levyä, ja siinä on enemmän kappaleita kuin tavallisella albumilla. Mutta To Venus and Backissa oli kaksi albumia pakattuna yhteen konseptin alle. Sarjan ensimmäinen albumi oli nimeltään Orbiting, ja se oli kokonaan uusi albumi, joka sisälsi 11 äänitettyä kappaletta. Setin toinen albumi oli nimeltään Live: Still Orbiting, ja se oli kokoelma live-konserttikappaleita, jotka oli nauhoitettu Torin esiintymisissä eri puolilla maailmaa. Orbiting oli myös From the Choirgirl Hotelin kaltainen elektroniikkateemainen. Sanoitukset käsittelivät muun muassa aikuistumista, vauvojen menettämistä keskenmenoissa ja homoseksuaalisuutta. Albumi sai enimmäkseen myönteisiä arvosteluja. Albumin single Bliss oli ensimmäinen suuren levy-yhtiön kappale, jota myytiin internetissä digitaalisena kappaleena.
Tori koki nyt, että hänen levy-yhtiönsä ei tehnyt tarpeeksi edistääkseen hänen musiikkiaan ja albumejaan. Hänellä oli enää yksi albumi jäljellä, jonka hän levytti ja julkaisi heidän sopimuksensa mukaisesti. Vuonna 2001 hän julkaisi seitsemännen albuminsa Strange Little Girls. Tämä albumi sisälsi kappaleita, joita muut laulajat ja yhtyeet olivat kirjoittaneet ja levyttäneet, mutta Tori lauloi ne uudella ajatuksella niiden merkityksestä. Tori ei halunnut antaa omia kappaleitaan levy-yhtiölle, jos se ei aikonut mainostaa niitä kunnolla. Levyllä kuultiin Torin versioita muun muassa Neil Youngin, Slayer-yhtyeen ja räppäri Eminemin kappaleista. Albumi oli "konseptilevy", mikä tarkoittaa, että kaikki kappaleet käsittelivät yhtä ajatusta. Konseptina oli ottaa miesten laulamia kappaleita ja laulaa ne naisen näkökulmasta. Albumi sai sekä hyviä että huonoja arvosteluja, mutta se ei myynyt läheskään yhtä paljon kappaleita kuin hänen muut albuminsa.
Vuoden 2001 lopulla Tori sai uuden sopimuksen levy-yhtiö Epicin kanssa. Vuonna 2002 hän julkaisi kahdeksannen albuminsa Scarlet's Walk, joka oli jälleen konseptilevy. Tässä konseptissa Tori loi tarinan naisesta nimeltä Scarlet. Scarlet teki matkan halki Amerikan New Yorkissa syyskuun 11. päivänä 2001 tapahtuneiden terrori-iskujen jälkeen. Scarlet tapaa paljon erilaisia hahmoja, enimmäkseen miehiä. Hänellä on romansseja, ystävyyssuhteita ja hän joutuu moniin tilanteisiin. Jokainen kappale kertoo jostakin hänen tapaamistaan ihmisistä tai jostakin hänelle tapahtuvasta asiasta. Albumi oli menestyksekkäämpi kuin Strange Little Girls, mutta ei saavuttanut hänen muiden albumiensa menestystä. Single "A Sorta Fairytale" oli kuitenkin hänen menestynein amerikkalainen radiosingle. Kappaleen musiikkivideolla esiintyi Oscar-palkittu näyttelijä Adrien Brody.
Vuonna 2003 Tori julkaisi Greatest Hits -albumin nimeltä Tales of a Librarian. Albumi oli viimeinen osa hänen sopimustaan Atlantic Recordsin kanssa. Hän otti monia vanhempia kappaleitaan ja muutti niitä äänitysstudiossa antaen niille uudet soundit. Hän sisällytti myös kaksi aivan uutta kappaletta. Samana vuonna myös Torin uusi levy-yhtiö Epic liittyi yhteen toisen levy-yhtiön BMG:n kanssa. Tori on sanonut haastatteluissa, että tämä ei ollut sitä, mitä hän halusi tapahtuvan, ja että uudet vastuuhenkilöt olivat enemmän kiinnostuneita rahan tekemisestä kuin hyvän musiikin tekemisestä. Hänellä oli myös rooli elokuvassa nimeltä Mona Lisa Smile. Siinä Tori esitti laulajaa hääjuhlissa.
Vuonna 2005 Tori julkaisi yhdeksännen albuminsa The Beekeeper. Tällä albumilla oli perinteisempi pop- ja rock-musiikkityyli. Sitä kuvailtiin aikuisten nykymusiikiksi. Albumi oli epätavallisen pitkä, sillä tavallisella painoksella oli 19 kappaletta ja erikoispainoksella 20 kappaletta. Sanoitukset käsittelivät henkilökohtaisia asioita Torin elämässä. Monet niistä käsittelivät sairautta ja kuolemaa. Tämä johtui siitä, että levytysvuonna hänen äitinsä melkein kuoli sydänkohtaukseen ja sitten hänen isoveljensä kuoli auto-onnettomuudessa. Hänen muihin albumeihinsa verrattuna albumi ei myynyt kovin hyvin. Albumin arvostelut olivat sekä hyviä että huonoja. Monien mielestä albumi oli liian pitkä. Myöhemmin samana vuonna Tori julkaisi albumisarjan, joka sai nimekseen The Original Bootlegs. Albumeita oli yhteensä kuusi, ja jokaisella oli kaksi CD-levyä. Jokainen albumi sisälsi täyspitkän live-konsertin, joka esitettiin hänen "The Beekeeper" -kiertueellaan. Levyt myytiin aluksi erikseen, ja myöhemmin ne koottiin boksiksi. Samana vuonna hän julkaisi myös elämäkerran Piece by Piece. Se oli myyntimenestys.
Vuonna 2006 Tori julkaisi DVD:n nimeltä Fade to Red. Se oli kokoelma-albumi kaikista hänen musiikkivideoistaan. Samana vuonna hän julkaisi myös monimutkaisen musiikkiboksin nimeltä A Piano. Siinä oli viisi CD-levyä, ja siihen oli koottu kappaleita aina Little Earthquakes -albumiin asti. Sarjan pakkaus oli pianon näppäimistön muotoinen.
Vuonna 2007 Tori julkaisi kymmenennen albuminsa American Doll Posse, joka oli toinen konseptialbumi. Tällä kertaa Tori loi useita hahmoja, mutta sen sijaan, että hän olisi vain kirjoittanut tarinoita heistä, hän pukeutui heiksi ja loi heille persoonallisuuksia. Tori käytti hahmojen pukuja ja peruukkeja konserttiesitysten aikana. Jokaisen levyn kappaleen oli tarkoitus olla yhden hahmon laulama. Albumin teemat ja musiikkityyli muistuttivat hyvin paljon The Beekeeperiä. Albumi oli vielä pidempi, sillä tavallisessa versiossa oli 23 kappaletta ja erikoispainoksessa 26 kappaletta. Sitä myytiin suunnilleen saman verran kuin edellistä albumia, ja myös arvostelut olivat samanlaisia. Jälleen monet sanoivat albumin olevan liian pitkä. Myöhemmin samana vuonna Tori julkaisi albumisarjan, jonka nimi oli Legs & Boots. Kokonaisia tupla-albumeita julkaistiin 27 kappaletta. Jokainen niistä oli sisältöä livekeikalta hänen American Doll Posse -albuminsa kiertueen aikana. Nämä albumit olivat saatavilla vain verkossa; CD-versioita ei ollut.
Vuonna 2008 Tori teki sopimuksen Epic Recordsin kanssa ja jätti levy-yhtiön. Hän julkaisi live-konsertti-DVD:n nimeltä Live in Montreaux 1991/1992. Sen jälkeen hän teki sopimuksen uuden levy-yhtiön Universal Republicin kanssa.
Vuonna 2009 Tori julkaisi yhdennentoista albuminsa Abnormally Attracted to Sin. Vaikka albumi sai lähes pelkästään hyviä arvosteluja, se ei myynyt yhtään paremmin kuin hänen viimeisimmät albuminsa. Myöhemmin samana vuonna hän julkaisi albumin nimeltä Midwinter Graces. Albumi oli kuin loma- tai joulualbumi, mutta Tori kutsui sitä "kausialbumiksi". Siinä on sekä perinteisiä joululauluja että Torin omia kappaleita.
Vuonna 2011 hän julkaisi ensimmäisen klassisen albuminsa Night of Hunters Deutsche Grammophon -levymerkillä.
2012-nyt
Vuonna 2012 hän perusti oman levy-yhtiön, Transmission Galacticin. Lokakuun 1. päivänä hänen kolmastoista albuminsa Gold Dust julkaistiin Yhdistyneessä kuningaskunnassa. Yksi single julkaistiin, "Flavor". Kappale ilmestyi ensimmäisen kerran hänen vuonna 2009 ilmestyneellä albumillaan Abnormally Attracted to Sin.
Hän sanoi haastattelussa, että hän julkaisee uuden albumin vuonna 2014.
