Varhainen hallituskausi
William päätti kruunata itsensä jouluna. Tämä johtui osittain siitä, että hän uskoi englantilaisten mellakoivan vähemmän todennäköisesti tänä suurena juhlapäivänä. Se oli hyvä valinta myös siksi, että hän uskoi, että hänestä oli Jumalan tahto tulla kuningas. Nyt kuninkaana Vilhelm vietti muutaman kuukauden Englannissa. Sitten hän palasi Normandiaan jättäen Englannin kahden kyvykkään miehen käsiin. Nämä olivat hänen velipuolensa Odo, Bayeux'n piispa, ja William FitzOsbern. Odosta tehtiin Kentin jaarli, kun taas FitzOsbernista tuli Herefordin jaarli. Loput kolme englantilaista jaarlia jätettiin paikoilleen. Kun William purjehti takaisin Normandiaan, hänen mukanaan oli monia hänen seuraajiaan. Monet hänen sotilaistaan, joille oli maksettu palkka, ja muita, joista hän halusi pitää kirjaa. Näitä olivat erityisesti englantilainen arkkipiispa Stigand ja Edgar Atheling. Hän toi mukanaan myös kolme jäljellä olevaa englantilaista kreiviä, Edwinin, Morcarin ja Waltheofin. Näin kukaan heistä ei voinut aloittaa kapinaa hänen poissa ollessaan. Vilhelmillä oli velvollisuuksiaan kotona hoidettavanaan. Myös monien hänen sotilaidensa oli palattava, jotta herttuakunta pysyisi turvassa.
Kun William palasi Lontooseen joulukuussa 1067, hän alkoi selvittää, mitä ongelmia oli ilmennyt hänen poissa ollessaan. Hertfordshire oli joutunut mercialaisten hyökkäyksen kohteeksi. Sitten Exeter ei ollut hyväksynyt uuden kuninkaan hallintoa. Vilhelm keräsi rahaa kaikista niistä Englannin osista, jotka suostuivat maksamaan. Hän kutsui myös koolle englantilaisia maksuja. Exeter antautui, kun yksi sen panttivangeista oli sokeutunut. Kun hän oli alistanut Devonin ja Cornwallin, kaikki näytti olevan rauhallista. Winchesteriin Vilhelm lähetti vaimonsa Matildan, joka kruunattiin siellä Englannin kuningattareksi helluntaina.
Kesään mennessä oli puhjennut lisää kapinoita. Samaan aikaan muut pakenivat Englannista. Edgar Atheling lähti äitinsä ja siskojensa kanssa Skotlantiin, jossa heidät toivotettiin tervetulleiksi. Pohjoisessa Yorkin ympärille kerääntyi vahvoja normanneja vastustavia ryhmiä. Jaarli Edwin ja hänen veljensä Morcar lähtivät Vilhelmin hovista liittyäkseen kapinallisiin pohjoisessa. Vilhelm rakennutti sitten linnan Warwickiin. Tämä sai kreivit ja muut antamaan periksi Vilhelmille. Muita linnoja seurasi. Sitten Vilhelm tunkeutui Yorkiin, jossa muut alistuivat hänen luokseen. Sitten hän neuvotteli skottien kuninkaan kanssa estääkseen hyökkäykset Englantiin pohjoisesta. Hänen pohjoisen kampanjansa ei kuitenkaan ollut niin tehokas kuin hän luuli. Vuonna 1069 toinen kansannousu kehittyi sodaksi. Vilhelmin johtoon jääneet miehet olivat saaneet surmansa. Pieni normannijoukko sinnitteli Yorkissa, kun Vilhelm tuli heidän avukseen. Rakennettuaan toisen linnan William jätti jaarli William FitzOsbernin johtoon. Seuraavat viisi kuukautta pohjoisessa oli hiljaista. Pohjoisenglantilaiset johtajat olivat kuitenkin lähettäneet Tanskan kuningas Sweinille viestin, jossa tarjottiin hänelle kruunua, jos hän pystyisi kukistamaan normannit. Swein lähetti Tanskan laivaston Englantiin.
Kesällä 1069 Tanskan laivasto ilmestyi Kentin rannikolle. Se eteni rannikkoa pitkin kohti pohjoista ja teki ryöstöretkiä mennessään. Vilhelm ja hänen armeijansa olivat etelässä vartioimassa kaikkia hyökkäyksiä vastaan. Lopulta laivasto liittyi englantilaisten kapinallisten seuraan Humber-joen rannalla. Jäljellä olevat englantilaiset jaarlit hylkäsivät kaikki Vilhelmin ja liittyivät englantilais-tanskalaisiin joukkoihin. Ne hyökkäsivät Yorkin normannien varuskuntaa vastaan ja tappoivat kaikki muut paitsi muutaman naisen ja lapsen. Myös William Malet, ennen vuotta 1066 Englannissa asunut normannimies, säästyi.
Harrying of the north
Williamin pohjoinen armeija oli tuhottu ja York oli raunioina. Samaan aikaan Walesissa ja Lounais-Englannissa puhkesi pienempiä kapinoita. William tiesi olevansa pulassa. Hän aloitti kutsumalla koolle kaikki komentajansa ja joukkonsa yhdistääkseen voimansa. Kuningas tiesi, että pienemmällä armeijalla hän joutui käsittelemään yhtä kapinallisryhmää kerrallaan. Hän lähetti William FitzOsbernin ja Bretagnen Brianin käsittelemään Exeteriä. William itse taisteli idästä saapuvaa armeijaa vastaan. Molemmissa tapauksissa normannien armeijat olivat voitokkaita. Nyt hän siirtyi pohjoisen armeijoiden kimppuun, jotka olivat tuhonneet Yorkin. Hän ei kuitenkaan päässyt Pontefractia pohjoisemmaksi. Useiden viikkojen yrittämisen jälkeen Vilhelm lahjoi Tanskan laivaston vetäytymään Yorkista talveksi. Ne suostuivat ja palasivat Humberin suulle talvehtimaan. William pystyi nyt siirtymään Yorkiin. Hän rakensi siellä olevat linnat uudelleen. Sitten hän käski joukkojensa levittäytyä ja tuhota kaiken, mikä oli hyödyllistä englantilaisen ja tanskalaisen armeijan ravinnoksi. Seurauksena oli laajalle levinnyt nälänhätä, ja alueen asukkaat joko lähtivät tai kuolivat nälkään. Tämä oli Vilhelmin pahamaineinen pohjoisen ahdistelu. Kaiken tämän tuloksena hänen englantilaiset kreivinsä ja suurin osa Englannin kapinallisista antautuivat. Vilhelmin armeija murskasi nopeasti muutamat jäljelle jääneet ryhmät. Yksi ryhmä osoittautui kuitenkin itsepäisemmäksi. Se oli Chesterissä, ja talven aikana suoritetun pakkomarssin jälkeen William yllätti heidät ennen kuin he olivat valmiita. Heidän antautumisensa jälkeen hän rakensi sinne vielä kaksi linnaa ja palasi sitten Winchesteriin.
Englannin ja Normandian hallitseminen
Williamin ei enää koskaan tarvinnut tuhota kreivikuntaa samalla tavalla kuin Yorkshirea. Hän oli hoitanut valtaansa kohdistuneet suurimmat uhat, mutta jotkin niistä oli ratkaistu vain osittain. Tanskan laivasto palasi vuonna 1070, tällä kertaa kuningas Swenin johdolla. He liittyivät pieneen kapinallisryhmään Elyn saarella, jota johti Hereward the Wake. William lahjoi jälleen tanskalaiset lähtemään ja käsitteli sitten kapinallisia. Herewardista ei kuultu enää koskaan.
Vilhelmin oli nyt hallittava sekä Englantia että Normandiaa. Hän huomasi, että hänen oli oltava läsnä pitääkseen asiat hallinnassa. Kun hän oli Normandiassa, Englannissa puhkesi usein ongelmia. Englannissa ollessaan Normandiaa hallitsi kuitenkin hänen vaimonsa Matilda. Mutta Fulk Rechin, Anjoun uusi kreivi, oli ottanut Mainen pois Williamin hallinnasta. Vilhelm joutui ottamaan sen takaisin vuonna 1073.
Vuonna 1082 Vilhelm pidätti velipuolensa Odon, Bayeux'n piispan ja Kentin jaarlin. Syistä ei ole varmuutta, mutta Odo yritti koota armeijaa marssia varten Roomaan. Hänen suunnitelmansa oli tulla seuraavaksi paaviksi. William pani hänet oikeuteen Wightin saarella. Muiden rikosten lisäksi hän yritti koota armeijan Williamin sotilaiden joukosta. Kuten William huomautti, heitä tarvittiin Englannin puolustamiseen. Odo protestoi, ettei edes kuningas voinut tuomita häntä. Piispana vain paavi voisi. William vastasi, ettei hän ollut takavarikoimassa piispaa, vaan hänen jaarlinsa, jonka hän oli jättänyt vastuuseen poissaolonsa ajaksi. Odo vangittiin Normandiassa loppuelämäkseen.
Vuonna 1083 kuningatar Matilda kuoli ja hänet haudattiin Caeniin. He olivat olleet hyvin läheisiä ja olivat erimielisiä vain pojastaan Robert Curthosesta. Robert oli toistuvasti kapinoinut isäänsä vastaan, mutta piti silti yhteyttä äitiinsä. Tämä aiheutti eripuran heidän välilleen. Ranskan Filip I:n mielestä hänen vasallinsa oli vaikea tulla hänen kaltaisekseen kuninkaaksi, ja siksi hän paheksui Vilhelmiä. Kun Robert Curthose kapinoi isäänsä vastaan, kuningas Filip I auttoi häntä, koska hän ei ollut tarpeeksi vahva taistelemaan Williamia vastaan itse.
Kesällä 1085 Vilhelm sai tietää, että Tanskan Canute IV oli valmistelemassa laivastoa purjehtimaan Englantia vastaan. Vilhelm palasi syksyllä Englantiin monien sotilaiden kanssa. Hänen oli maksettava heille palkkaa ja ruokittava heidät, mikä aiheutti suuria kustannuksia. Ehkä juuri tuolloin hän tajusi, ettei hänellä ollut tietoja siitä, mitä hän oli velkaa kuninkaana. Hän ei tiennyt, oliko hän kerännyt kaikki erääntyneet verot.
Domesday Book
Gloucesterissa vuonna 1085 pidetyssä jouluhovissa Vilhelm pyysi, että Englannin kaikissa osissa tehtäisiin suuri tutkimus. Kuningas halusi tietää, kuinka monta ihmistä hänen [valtakunnassaan|[valtakunnassa]] asui. Hän halusi tietää jokaisen kiinteistön koon, kunkin kiinteistön arvon ja sen tuomat tulot. Englannissa ei ollut koskaan aikaisemmin tehty tällaista kartoitusta. Se oli ainutlaatuinen yksityiskohdiltaan ja vaikutukseltaan Englannin historiaan. Domesday Book oli ensimmäinen julkinen kirja Englannissa.
Kirjan teksti mahtuu kahteen niteeseen. Ensimmäinen kattoi kolmekymmentäyksi maakuntaa. Sitä kutsuttiin "Great Domesdayksi" kokonsa vuoksi. Toinen kattoi Essexin, Norfolkin ja Suffolkin kreivikunnat, ja sitä kutsuttiin nimellä "Little Domesday". Tietoja kirjasivat useat piispoista ja jaarleista koostuvat paneelit. Kukin paneeli keräsi tietoja useista kreivikunnista. Williamille esiteltiin suuri kokoelma kirjallisia tietoja 1. elokuuta 1086. Siitä tuli Domesday Book, vaikka sitä ei sidottu kirjoihin vielä lähes vuosisataan.
Viime vuodet
William kuoli ollessaan Rouenissa Ranskassa vammoihin, jotka hän oli saanut pudottuaan omistamaltaan hevoselta.
