Lincolnin presidenttikausi kesti noin neljä vuotta. Se kesti 4. maaliskuuta 1861 siihen asti, kunnes konfederaation kannattaja ampui hänet ja hän kuoli 15. huhtikuuta 1865. Sisällissota vei lähes koko hänen virka-aikansa. Valitsijakollegion 15. helmikuuta tapahtuneesta valinnasta 4. maaliskuuta tapahtuneeseen virkaanastujaisiin Lincolnilla oli vain vähän aikaa koota kabinetti.
Lincolnin kabinetti
Lincolnin kabinetti oli ainutlaatuinen Yhdysvaltain historiassa. Siihen kuuluivat kaikki hänen tärkeimmät kilpailijansa vuoden 1860 republikaanien ehdokkuudesta. Osana ehdokkuutta edeltäviä poliittisia neuvotteluja joillekin oli luvattu paikka kabinetissa. Se ei ollut harmoninen ryhmä, sillä useimmat heistä eivät pitäneet toisistaan. Heillä oli erilaisia käsityksiä maan hallinnosta, erilainen etiikka ja erilaiset persoonallisuudet. Erityisesti Simon Cameron pakotettiin Lincolniin Pennsylvanian edustajien kanssa tehdyllä sopimuksella republikaanien kokouksessa. Hänellä oli jo ennestään epäpätevän ja korruptoituneen maineensa. Sopimuksen mukaan hänestä tuli Lincolnin sotaministeri.
Jäsenet olivat:
- Hannibal Hamlin, Lincolnin ensimmäinen varapresidentti (1861-1865).
- Andrew Johnson, Lincolnin toinen varapresidentti (1865-1865) ja Yhdysvaltain 17. presidentti.
- Salmon P. Chase, Yhdysvaltain valtiovarainministeri. Vuonna 1864 hänestä tuli korkeimman oikeuden ylituomari.
- Simon Cameron, sotaministeri (1861-1862).
- Edwin Stanton, sotaministeri (1862-1865).
- William H. Seward, ulkoministeri (1861-1865).
- Gideon Welles, laivastoministeri (1861-1865).
- Montgomery Blair, postipäällikkö (1861-1864).
- Edward Bates, oikeusministeri (1861-1864).
Sisäasiat
Lincolnin hallinnon tehtävänä oli ohjata maata sen synkimpien päivien läpi. Hän peri ongelmat edeltäjältään, presidentti James Buchananilta. Omassa virkaanastujaispuheessaan neljä vuotta aiemmin Buchan oli kutsunut orjuuskysymystä "onnellisesti asiaksi, jolla on vain vähän käytännön merkitystä". Buchanan otti kannan, ettei hänellä ollut valtaa tehdä mitään uhkaavalle sisällissodalle. Hän sanoi: "Kenelläkään presidentillä ei ole valtaa, olivatpa hänen omat poliittiset mieltymyksensä mitä tahansa, palauttaa rauhaa ja sopusointua osavaltioiden välille. Viisaasti rajoitettuna ja hillittynä, kuten hänen valtansa perustuslakimme ja lakiemme mukaan on, hän yksin voi saada aikaan vain vähän hyvää tai pahaa näin merkittävässä kysymyksessä." Sisällissodan lähestyessä Buchananin presidenttikaudella maa ajautui lamaan.
Sen sijaan, että Lincoln olisi jättänyt tilanteen huomiotta tai hyväksynyt sen, hänen oli joko korjattava rikkinäinen kansakunta tai nähtävä sen hajoavan. Presidentinvaalien ja Lincolnin virkaanastujaisten välisenä aikana seitsemän irtautunutta osavaltiota muodostivat Amerikan liittovaltion. Niiden perustuslaki mukaili Yhdysvaltojen perustuslakia neljällä erolla. Se tuki osavaltioiden itsemääräämisoikeutta. Se takasi, että orjuus olisi aina olemassa konfederaation osavaltioissa. Se ei sallinut etelävaltioiden kongressin ottaa käyttöön suojatulleja. Se myös rajoitti Konfederaation osavaltioiden presidentin toimikauden kuuteen vuoteen. Jefferson Davis valittiin CSA:n presidentiksi. Hän oli mississippiläinen orjanomistaja, Yhdysvaltain senaattori ja oli toiminut myös sotaministerinä presidentti Franklin Piercen alaisuudessa. CSA omaksui useita filosofisia kantoja, jotka poikkesivat Yhdysvaltojen kannoista. Se oletti, että Yhdysvallat oli vain suvereenien osavaltioiden yhteenliittymä, kuten ne olivat olleet liittovaltion artiklojen nojalla ennen Yhdysvaltain perustuslain hyväksymistä. Ne väittivät, että sellaisenaan jokainen osavaltio oli vapaa eroamaan osavaltioiden yhteenliittymästä. Pohjoinen näki unionin pysyvänä valtiona. Lincoln huomautti, että jokainen osavaltio oli luopunut omasta suvereniteetistaan ratifioidessaan ja hyväksyessään perustuslain. Hän väitti myös, ettei millään osavaltiolla ollut oikeutta kapinoida omaa maataan, Amerikan yhdysvaltoja, vastaan. Lincoln kuitenkin vaikeni CSA:sta sen perustamisesta virkaanastujaisiinsa saakka. Hän toisti kampanjalupauksensa, jonka mukaan hän ei presidenttinä ryhtyisi toimenpiteisiin orjuuden lopettamiseksi tai rajoittamiseksi niissä osavaltioissa, joissa se oli jo olemassa. Hän ei kuitenkaan hyväksynyt rauhankomission ehdotuksia. Osoituksena rauhanomaisista aikeistaan hänen virkaanastujaispuheessaan hän pyrki estämään muiden etelävaltioiden liittymisen CSA:han. Ne eivät olleet vihollisia. Hän ei aikonut hyökätä CSA:n kimppuun, mutta hän aikoi säilyttää ja ylläpitää kaiken etelävaltioissa olevan Yhdysvaltain hallituksen omaisuuden.
Päivä virkaanastujaistensa jälkeen Lincoln sai viestin majuri Robert Andersonilta. Hän oli Charlestonin satamassa sijaitsevan Fort Sumterin komentaja. Hän ilmoitti Lincolnille, että jos linnaketta ei pian täydennetä, hänen ja hänen miehensä olisi lähdettävä. Lincoln keksi keinon, jolla linnakkeen täydennykset saataisiin ilman taistelujen aloittamista. Hän lähettäisi aseistamattomia huoltoaluksia Sumterin linnakkeeseen. Hän ilmoitti aikeistaan CSA:n presidentille Davisille. Tällä tavoin Yhdysvallat ei aloittaisi taisteluita, vaan pitäisi linnakkeen hallussaan, kuten Lincoln oli luvannut. Davis lähetti välittömästi kenraali P. G. T. Beauregardin pakottamaan linnakkeen antautumaan ennen kuin huoltoalukset ehtivät saapua. Aamulla 12. huhtikuuta 1861 kello 4.30 konfederaation tykit aloittivat Sumterin linnakkeen pommituksen. Majuri Anderson antautui 33 tunnin kuluttua. Tämä oli sisällissodan alku.
Sota kesti neljä vuotta. Pohjoinen ei osannut aavistaa, että eteläinen taistelisi lähes viimeiseen mieheen asti puolustaakseen "vapauttaan". Etelällä ei ollut aavistustakaan siitä, että Lincolnin johtama pohjoinen osoittaisi rautaista tahtoa säilyttää unioni hinnalla millä hyvänsä.
Ulkoasiat
Yksi Lincolnin sotilaallisista strategioista oli etelän satamien ja noin 5 600 kilometrin (3 500 mailin) rantaviivan saartaminen. Sodan alussa tämä oli lähes mahdotonta, koska käytössä oli vain muutama alus. Sodan loppuun mennessä unioni oli kaapannut tai tuhonnut 1500 saarroslaivaa. Mutta koska lähes viisi kuudesta kaupasta pystyi kiertämään saarron, Iso-Britannia väitti, ettei sitä tunnustettu kansainvälisessä oikeudessa, koska se oli "paperisaarrossaarros". Konfederaatio pystyi sodan aikana kuljettamaan Englantiin vain pienen osan tärkeimmästä rahasadostaan, puuvillasta. Kolme vuotta ennen sotaa etelävaltiot olivat lähettäneet 10 miljoonaa puuvillapaalia vuodessa. Sodan aikana he lähettivät yhteensä vain 500 000 paalia. Englantilaiset valmistajat olivat kuitenkin varastoineet suuria määriä etelän puuvillaa, joka oli peräisin sodan aikaisesta valtavasta viennistä. Se, mitä heillä oli varastossa, kesti suurimman osan sodasta.
Vuonna 1861 sekä liittovaltio että unioni halusivat apua Isolta-Britannialta. Pohjoinen laski niiden varaan, koska ne tuomitsivat orjuuden. Konfederaatio laski niiden avun varaan, koska niiden puuvillalla oli suuri merkitys Britannian taloudelle. Molemmilla osapuolilla oli siis diplomaattisuhteet Isoon-Britanniaan. Etelä tarvitsi Britannian apua voittaakseen sodan. Ilman Britannian apua myös Ranska ei uskaltaisi puuttua asiaan, vaikka se oli jo ennestään ystävällinen etelän kanssa. Kuningatar Victoria antoi 4. toukokuuta 1861 julistuksen, jossa se julisti Ison-Britannian puolueettomaksi sodassa ja tunnusti Konfederaation konfliktin sotivaksi osapuoleksi. Tämä suututti Lincolnin. Hänen ulkoministerinsä Seward oli jo antanut Britannian uudelle ministerille ohjeet, joiden mukaan hänen oli lähdettävä ja palattava kotiin, jos kuningatar tunnustaisi Konfederaation. Ranska seurasi vastaavalla julistuksella, jossa myös tunnustettiin CSA kansakunnaksi. Seward varoitti molempia kansakuntia mahdollisesta sodasta Yhdysvaltojen kanssa tämän asian vuoksi.
Britannian pääministeri lordi Palmerston lähetti laivaston sota-aluksia Länsi-Atlantille valmistelemaan yllätyshyökkäystä New Yorkiin. He aikoivat käyttää maailman suurinta laivaa SS Great Easternia joukkojen kuljetukseen. He näkivät, että isku New Yorkiin olisi isku Yhdysvaltain kauppakeskusta vastaan. Mutta keväällä 1862 britit saivat tietää unionin rautalaiva USS Monitorista. Tämä perui kaikki hyökkäyssuunnitelmat. Vaikka Britannian laivastolla oli rautalaiva-aluksia, ne tarvitsivat syvää vettä kulkeakseen. Monitor ja sen kaltaiset pohjoisen alukset voisivat tuhota brittiläiset alukset, jos ne yrittäisivät saartaa pohjoisen satamia. Venäjä pelkäsi myös, että britit ja/tai ranskalaiset voisivat puuttua asiaan. Kesällä 1862 valtioiden liittouma harkitsi sodan sovittelua. Siihen kuuluivat Britannia, Ranska, Preussi, Itävalta ja Venäjä. Syksyllä 1863 Venäjän tsaari Aleksanteri II lähetti kuitenkin laivastonsa suojelemaan Yhdysvaltoja Ison-Britannian ja Ranskan mahdolliselta hyökkäykseltä. Heidän Itämeren laivastonsa alkoi saapua New Yorkin satamaan 24. syyskuuta 1863. Venäjän Kaukoidän laivasto lähetettiin San Franciscoon.
Loppusodan aikana useimmat Euroopan maat eivät juurikaan hyötyneet siitä, että ne olisivat tunnustaneet Konfederaation itsenäiseksi valtioksi. Lincoln suhtautui diplomaattisesti kahteen konfederaattoriin, jotka oli pidätetty brittiläisellä Trent-aluksella. Hän määräsi molemmat vapautettaviksi. Euroopan satoviat tekivät unionin maataloustuotteista suosittuja. Egypti ja Intia pystyivät toimittamaan puuvillaa, jota ennen sotaa oli ostettu etelästä. Unioni oli myös hyvä asiakas Euroopasta tuleville käsiaseille ja muille teollisuustuotteille. Englantilaiset laivanrakentajat rakensivat sodan aikana kuitenkin kymmeniä saarroslaivoja ja sota-aluksia Konfederaation laivastolle.